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- PDB-245d: DNA-DRUG REFINEMENT: A COMPARISON OF THE PROGRAMS NUCLSQ, PROLSQ,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 245d
タイトルDNA-DRUG REFINEMENT: A COMPARISON OF THE PROGRAMS NUCLSQ, PROLSQ, SHELXL93 AND X-PLOR, USING THE LOW TEMPERATURE D(TGATCA)-NOGALAMYCIN STRUCTURE
要素DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性NOGALAMYCIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schuerman, G.S. / Smith, C.K. / Turkenburg, J.P. / Dettmar, A.N. / Van Meervelt, L. / Moore, M.H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: DNA-drug refinement: a comparison of the programs NUCLSQ, PROLSQ, SHELXL93 and X-PLOR, using the low-temperature d(TGATCA)-nogalamycin structure.
著者: Schuerman, G.S. / Smith, C.K. / Turkenburg, J.P. / Dettmar, A.N. / Van Meervelt, L. / Moore, M.H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: DNA-Nogalamycin Interactions: The Crystal Structure of d(TGATCA) Complexed with Nogalamycin
著者: Smith, C.K. / Davies, G.J. / Dodson, E.J. / Moore, M.H.
履歴
登録1996年1月12日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1924
ポリマ－3,6162
非ポリマー1,5762
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.290, 37.290, 71.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-77-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NGM / NOGALAMYCIN / ノガラマイシン


分子量: 787.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H49NO16 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2HMD11
3SPERMINE11
4MGCL211
5NA CACODYLATE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 mMoligonucleotide1drop
22.7 mMnogalamycin1drop
35 %HMD1drop
41 mMspermine1drop
517 mM1dropMgCl2
6sodium cacodylate1drop
7100 %1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.4 Å / Num. all: 62880 / Num. obs: 10306 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射
*PLUS
Num. obs: 2230 / % possible obs: 97.5 % / Num. measured all: 13447 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 86.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93精密化
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
精密化解像度: 1.4→8 Å / σ(F): 0
詳細: DISTANCES AND ANGLES WITHIN THE BASES WERE RESTRAINED TO TARGET VALUES. ALL OTHER CHEMICALLY EQUIVALENT BOND DISTANCES WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR BY SAME DISTANCE RESTRAINTS. SIGMAS FOR ...詳細: DISTANCES AND ANGLES WITHIN THE BASES WERE RESTRAINED TO TARGET VALUES. ALL OTHER CHEMICALLY EQUIVALENT BOND DISTANCES WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR BY SAME DISTANCE RESTRAINTS. SIGMAS FOR BOTH TARGET AND SIMILAR DISTANCE RESTRAINTS WERE SET AT 0.030 ANGSTROMS FOR BONDS AND 0.050 ANGSTROMS FOR ANGLES. SADI_* 0.15 C3'_- P C3'_1 P_2 SADI_* 0.15 C5' P C5'_2 P_2 ISOR 0.1 ISOR 0.05 C2_3 C2_5 ISOR 0.025 C15B_41 DELU C15B_41 O10B_41 C14_41 C10_41 C20_ 41 DELU O5'_21 C5'_21 C4'_21 C3'_21 C2'_21 C1'_21 O4'_21 BUMP
Rfactor反射数
Rfree0.252 -
obs0.16 9813
all-9813
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 115 66 421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_deg / Dev ideal: 4.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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