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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 225l | ||||||
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タイトル | GENERATING LIGAND BINDING SITES IN T4 LYSOZYME USING DEFICIENCY-CREATING SUBSTITUTIONS | ||||||
要素 | T4 LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / O-GLYCOSYL / T4 LYSOZYME / CAVITY MUTANTS / LIGAND BINDING / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Baldwin, E.P. / Baase, W.A. / Zhang, X.-J. / Feher, V. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions. 著者: Baldwin, E. / Baase, W.A. / Zhang, X. / Feher, V. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: A Cavity-Containing Mutant of T4 Lysozyme is Stabilized by Buried Benzene 著者: Eriksson, A.E. / Baase, W.A. / Wozniak, J.A. / Matthews, B.W. #2: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1989 タイトル: Expression and Nitrogen-15 Labeling of Proteins for Proton and Nitrogen-15 Nuclear Magnetic Resonance 著者: Muchmore, D.C. / Mcintosh, L.P. / Russell, C.B. / Anderson, D.E. / Dahlquist, F.W. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 225l.cif.gz | 49 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb225l.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 225l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/25/225l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/25/225l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18606.359 Da / 分子数: 1 / 変異: L133G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P-XYLENE LIGANDED 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GENE E / プラスミド: PHS1403 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PXY / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | STRUCTURE OF A HYDROPHOBI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: CRYSTALS GROWN IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES C. PROTEIN 10-20 MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.1M NA2PO4 PH 6.6, 0.55 M NACL WAS DILUTED 1/2 WITH A WELL SOLUTION CONTAINING 1.8-2.2M NA/KPO4 PH ...詳細: CRYSTALS GROWN IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES C. PROTEIN 10-20 MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.1M NA2PO4 PH 6.6, 0.55 M NACL WAS DILUTED 1/2 WITH A WELL SOLUTION CONTAINING 1.8-2.2M NA/KPO4 PH 6.3-7.1 WITH OXIDIZED/REDUCED BME. CRYSTALS WERE EXPOSED TO P-XYLENE VAPOR IN A CAPILLARY FOR SEVERAL DAYS AT ROOM TEMPERATURE., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K PH範囲: 6.3-7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: Remington, S.J., (1978). J. Mol. Biol., 118, 81. / pH: 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年9月28日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / % possible obs: 83 % / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: WILD TYPE T4 LYSOZYME 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 374 Å2 / ksol: 0.94 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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