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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 210l | ||||||
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タイトル | PROTEIN STRUCTURE PLASTICITY EXEMPLIFIED BY INSERTION AND DELETION MUTANTS IN T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / M13 PLASMID / BACTERIOLYTIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vetter, I.R. / Baase, W.A. / Heinz, D.W. / Xiong, J.-P. / Snow, S. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme. 著者: Vetter, I.R. / Baase, W.A. / Heinz, D.W. / Xiong, J.P. / Snow, S. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: How Amino-Acid Insertions are Allowed in an Alpha-Helix of T4 Lysozyme 著者: Heinz, D.W. / Baase, W.A. / Dahlquist, F.W. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18557.285 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, DEL(A73), C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: T4 LYSOZYME GENE / プラスミド: M13 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME GENE / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % | ||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月30日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→26.33 Å / Num. obs: 16587 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0737 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.89→26.33 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 162 - 164 IN WILD-TYPE AND ALL MUTANT LYSOZYMES ARE EXTREMELY MOBILE. THUS THE COORDINATES FOR THESE RESIDUES ARE VERY UNRELIABLE. THIS ENTRY DOES NOT INCLUDE RESIDUES 163 AND 164.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→26.33 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.022 / Weight: 3 |