PDB-200d: STABLE LOOP IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTERCALATED FOUR-STR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 200d

タイトル

STABLE LOOP IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTERCALATED FOUR-STRANDED CYTOSINE-RICH METAZOAN TELOMERE

要素

DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / U-DNA / QUADRUPLE HELIX / TETRAPLEX / BASE INTERCALATED / LOOP

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kang, C. / Berger, I. / Lockshin, C. / Ratliff, R. / Moyzis, R. / Rich, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Stable loop in the crystal structure of the intercalated four-stranded cytosine-rich metazoan telomere.
著者: Kang, C. / Berger, I. / Lockshin, C. / Ratliff, R. / Moyzis, R. / Rich, A.

履歴

登録	1995年2月16日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	200d.cif.gz	15.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb200d.ent.gz	10.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	200d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/00/200d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/00/200d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kb9-d 175d-d 334d-d 193d-d 108d-d 1d9r-d 1tbk-d 1i3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

3.51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

A: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*C)-3')

登録者が定義した集合体
7.01 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.940, 81.330, 26.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(TPAPAPCPCPC)-3') 分子量: 1753.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE	1	1
5	KCL	1	1
6	K CACODYLATE	1	1
7	WATER	1	2
8	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	化学式
1	5 %(v/v)	MPD	1
2	20 mM		1	MgCl2
3	0.10 mM	spermine	1
4	80 mM		1	KCl
5	40 mM	potassium cacodylate	1
6	2 mM	DNA	1
7	35 %	MPD	1
8			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月20日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	R_merge(I) obs: 0.045
反射	PLUS % possible obs*: 77 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	精密化
MSC	データ削減

精密化

解像度: 1.85→12 Å / σ(F): 1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	-	-
R_work	0.19	-	-
obs	0.19	2122	77 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	258	0	26	284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.03
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	4
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 1 / R_factor obs: 0.19 / R_factor R_work: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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