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万見
- PDB-1zzd: Structures of Yeast Ribonucleotide Reductase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzd
タイトルStructures of Yeast Ribonucleotide Reductase I
要素
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Eukaryotic / Ribonucleotide Reductase / dNTP Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1 / Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structures of eukaryotic ribonucleotide reductase I provide insights into dNTP regulation
著者: Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C.
履歴
登録2005年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8162
ポリマ－100,8162
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,6324
ポリマ－201,6324
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.321, 117.682, 64.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The second part of the active biological dimer assembly is generated by the two fold axis: -x, -y+1, z.

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1 / Ribonucleotide reductase


分子量: 99672.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RNR1 / プラスミド: pWJ751-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21524, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質・ペプチド Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2 / Ribonucleotide reductase small subunit 2


分子量: 1143.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized, this sequene occurs naturally in yeast.
参照: UniProt: P49723, ribonucleoside-diphosphate reductase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 26145 / Num. obs: 26145 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2587 / Rsym value: 0.736 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0007精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 10.671 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.788 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26011 2626 10.1 %RANDOM
Rwork0.20147 ---
obs0.20738 23454 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5183 0 0 58 5241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9427182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.104251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.024032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.22638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.23624
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.53291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it25197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it32306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.51985
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 185 -
Rwork0.286 1673 -
obs--98.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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