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万見
- PDB-1zyh: Structure of a Supercoiling Responsive DNA site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zyh
タイトルStructure of a Supercoiling Responsive DNA site
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
キーワードDNA / supercoiling / flexibility / hix / hin / recombinase
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Bae, S.H. / Yun, S.H. / Sun, D. / Lim, H.M. / Choi, B.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structural and dynamic basis of a supercoiling-responsive DNA element
著者: Bae, S.H. / Yun, S.H. / Sun, D. / Lim, H.M. / Choi, B.S.
履歴
登録2005年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3262
ポリマ－7,3262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 100structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*G)-3'


分子量: 3687.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-support phosphoramidite chemistry
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*G)-3'


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-support phosphoramidite chemistry

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
1322D TOCSY
1422D COSY
1522D 1H-31P COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110mM sodium phosphate (pH 6.8), 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
210mM sodium phosphate (pH 6.8), 100mM NaCl100% D2O
試料状態イオン強度: 10mM sodium phosphate, 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR3.1CVarian Inc.collection
NMRPipe1995Bax, A.解析
MARDIGRAS3.2James, T.iterative matrix relaxation
X-PLORXPLOR-NIHClore構造決定
X-PLORXPLOR-NIH精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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