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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zy4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of eIF2alpha Protein Kinase GCN2: R794G Hyperactivating Mutant in Apo Form. | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase GCN2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSLATION REGULATOR / PROTEIN KINASE / SIGNAL TRANSDUCTION / AMINO-ACID STARVATION / STARVATION STRESS RESPONSE / EIF2ALPHA KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to histidine / regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / regulation of translational initiation / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding ...cellular response to histidine / regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / regulation of translational initiation / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor binding / cellular response to amino acid starvation / DNA damage checkpoint signaling / large ribosomal subunit / : / double-stranded RNA binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / protein autophosphorylation / tRNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Padyana, A.K. / Qiu, H. / Roll-Mecak, A. / Hinnebusch, A.G. / Burley, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Autoinhibition and Mutational Activation of Eukaryotic Initiation Factor 2{alpha} Protein Kinase GCN2 著者: Padyana, A.K. / Qiu, H. / Roll-Mecak, A. / Hinnebusch, A.G. / Burley, S.K. #1: ![]() タイトル: Mutations that Bypass tRNA Binding Activate the Intrinsically Defective Kinase Domain in GCN2. 著者: Qiu, H. / Hu, C. / Dong, J. / Hinnebusch, A.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN GOL 997 is associated with protein chain A. GOL 998 is associated with protein chain B. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly of GCN2 protein kinase is a dimer. The asymmetric unit of this crystal lattice contains one dimer assembled into one biological unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35043.336 Da / 分子数: 2 / 変異: R794G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GCN2, AAS1 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG 6000, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月19日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 45568 / Num. obs: 45176 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZYC 解像度: 1.95→37.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1973272.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.6746 Å2 / ksol: 0.359013 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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