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万見
- PDB-1zy3: Structural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zy3
タイトルStructural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-W
  • BH3-peptide from BH3 interacting domain death agonist protein
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-w / BH3-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of epithelial cell proliferation / death receptor binding / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / Bcl-2 family protein complex / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / apoptotic mitochondrial changes / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of T cell proliferation / cellular response to glycine / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / signal transduction in response to DNA damage / Activation of BAD and translocation to mitochondria / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / release of cytochrome c from mitochondria / response to ischemia / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to estradiol stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to amyloid-beta / disordered domain specific binding / channel activity / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / spermatogenesis / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-W / BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-W / BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Rigid body docking, semi-flexible simulated annealing, refinement using explicit water
データ登録者Denisov, A.Y. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Model of the BCL-w-BID Peptide Complex and Its Interactions with Phospholipid Micelles.
著者: Denisov, A.Y. / Chen, G. / Sprules, T. / Moldoveanu, T. / Beauparlant, P. / Gehring, K.
履歴
登録2005年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-W
B: BH3-peptide from BH3 interacting domain death agonist protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9022
ポリマ－21,9022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-W / Bcl-2-like 2 protein


分子量: 19659.885 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-171 / 変異: P116V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-29b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92843
#2: タンパク質・ペプチド BH3-peptide from BH3 interacting domain death agonist protein / BID


分子量: 2241.615 Da / 分子数: 1 / 変異: R203K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P55957

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CB
121CBCA(CO)HN
13215N-edited NOESY
142HNHA
15315N-edited NOESY
16315N-1H HSQC
NMR実験の詳細Text: This model structure was obtained using ambigous chemical shift perturbation constraints, NOE distances and hydrogen bonds

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM Bcl-w U-15N,13C, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM Bcl-w U-15N, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM Bid BH3-peptide U-15N, 0.7 mM Bcl-w, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10 mM NaCl / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity InovaVarianUnity Inova8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCK1.2Bonvin et al.精密化
NMRPipe2Delargio et al.解析
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
HADDOCK1.2Bonvin et al.解析
精密化手法: Rigid body docking, semi-flexible simulated annealing, refinement using explicit water
ソフトェア番号: 1
詳細: 200 conformers were obtained in the rigid body docking and 100 best conformers were selected for semi-flexible simulated annealing following by refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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