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万見
- PDB-1zx8: CRYSTAL STRUCTURE OF an atypical cyclophilin (peptidylprolyl cis-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zx8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF an atypical cyclophilin (peptidylprolyl cis-trans isomerase) (TM1367) FROM THERMOTOGA MARITIMA AT 1.90 A RESOLUTION
要素hypothetical protein TM1367
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


TM1367-like / Cyclophilin TM1367-like domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin - #20 / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Cyclophilin TM1367-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of TM1367 from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution reveals an atypical member of the cyclophilin (peptidylprolyl isomerase) fold.
著者: Jin, K.K. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, ...著者: Jin, K.K. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C. / Stevens, R.C. / Spraggon, G. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / White, A. / Wolf, G. / Han, G.W. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM1367
B: hypothetical protein TM1367
C: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5387
ポリマ－46,7653
非ポリマー7744
水4,378243
1
A: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8272
ポリマ－15,5881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0653
ポリマ－15,5881
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6472
ポリマ－15,5881
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM1367
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2944
ポリマ－31,1772
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.083, 132.875, 41.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: HIS / End label comp-ID: SER / Refine code: 6

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA-2 - 12410 - 136
2BB-2 - 12410 - 136
3CC-2 - 12310 - 135

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM1367


分子量: 15588.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tm1367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X187
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.2
詳細: 0.2M NaCl, 50.0% PEG-200, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.89194, 0.97934
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.891941
20.979341
反射解像度: 1.9→29.08 Å / Num. obs: 34243 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
1.9-1.9599.83.70.61.224770.6
1.95-299.83.70.4331.724120.433
2-2.0699.83.70.359223820.359
2.06-2.121003.70.3062.422830.306
2.12-2.191003.70.245322510.245
2.19-2.271003.70.1953.821660.195
2.27-2.361003.70.1624.320960.162
2.36-2.451003.70.1295.120260.129
2.45-2.561003.70.1126.319530.112
2.56-2.691003.60.097718290.097
2.69-2.831003.60.0847.817750.084
2.83-31003.70.0728.716900.072
3-3.211003.60.0639.815870.063
3.21-3.471003.60.05410.914890.054
3.47-3.899.93.60.04812.313800.048
3.8-4.2599.83.60.04114.412320.041
4.25-4.9199.33.60.04213.511040.042
4.91-6.0199.23.50.041149480.041
6.01-8.598.43.30.0415.47440.04
8.5-29.0893.72.90.03810.24190.038

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.215 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. UNMODELED DENSITY NEAR A59 AND A81.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1729 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.168 ---
obs-32474 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2969 0 49 243 3261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9754168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44236649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8745379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48825.344131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8415525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.798159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.22823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4331973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6773776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23553090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.58181288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.389111078
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1850 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.445
2Bloose positional0.45
3Cloose positional0.485
1Aloose thermal2.6410
2Bloose thermal2.3410
3Cloose thermal3.0110
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 123 -
Rwork0.217 2352 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16720.43330.18382.454-1.01921.61810.0148-0.0171-0.0153-0.0263-0.0725-0.1722-0.03030.10040.0577-0.0886-0.0008-0.0074-0.0864-0.0159-0.085449.352973.95439.5453
21.1168-0.59830.25733.3275-0.73521.92630.00260.10770.057-0.347-0.1069-0.08210.02150.03650.10430.0111-0.025-0.0004-0.0598-0.0017-0.07249.056498.2859.696
31.7263-0.07730.89392.66760.53011.73410.0808-0.12820.0143-0.1754-0.05710.0034-0.0414-0.1433-0.0237-0.06080.00130.0054-0.0379-0.00640.010845.0666123.044369.9762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 12410 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2BB-2 - 12410 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3CC-4 - 1238 - 135

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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