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- PDB-1zx5: The structure of a putative mannosephosphate isomerase from Archa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zx5
タイトルThe structure of a putative mannosephosphate isomerase from Archaeoglobus fulgidus
要素mannosephosphate isomerase, putative
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / mannose 6-phosphate / isomerase / Archaeoglobus fulgidus / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-6-phosphate isomerase / mannose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Mannose-6-phosphate isomerase, Firmicutes type, short form / : / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Mannose-6-phosphate isomerase, type I / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / Phosphomannose isomerase type I C-terminal / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...Mannose-6-phosphate isomerase, Firmicutes type, short form / : / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Mannose-6-phosphate isomerase, type I / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / Phosphomannose isomerase type I C-terminal / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / beta-L-fructofuranose / mannose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a putative mannosephosphate isomerase from Archaeoglobus fulgidus
著者: Cuff, M.E. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mannosephosphate isomerase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,54011
ポリマ－33,7841
非ポリマー75710
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.045, 160.045, 160.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-941-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 mannosephosphate isomerase, putative


分子量: 33783.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF0035 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30200
#2: 糖 ChemComp-LFR / beta-L-fructofuranose / beta-L-fructose / L-fructose / fructose / BETA-L-FRUCTO-FURANOSE


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
LFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 255分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: PEG 5k MME, Na Acetate, ethylene glycol, sucrose, glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.72 Å / Num. all: 31599 / Num. obs: 31599 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.375 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19081 1593 5 %RANDOM
Rwork0.16243 ---
all0.16383 31599 --
obs0.16383 30005 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.343 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2370 0 50 246 2666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.9723383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3585309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17924.569116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46915444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5611513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21676
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8641.51578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22722445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95131059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1474.5937
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 120 -
Rwork0.201 2162 -
obs--99.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 76.5518 Å / Origin y: 96.9253 Å / Origin z: 39.5673 Å
111213212223313233
T-0.0559 Å2-0.0391 Å2-0.0065 Å2--0.1164 Å20.0286 Å2---0.0569 Å2
L0.9765 °20.0117 °2-0.0041 °2-1.3837 °2-0.9083 °2--1.5815 °2
S-0.0511 Å °-0.0048 Å °-0.0008 Å °0.0698 Å °-0.0358 Å °-0.1535 Å °0.0062 Å °0.0595 Å °0.0869 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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