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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zx3 | ||||||
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タイトル | Structure of NE0241 Protein of Unknown Function from Nitrosomonas europaea | ||||||
要素 | hypothetical protein NE0241 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein NE0241 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | NE0241-like / Ribbon-helix-helix / Helix Hairpins / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nitrosomonas europaea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of hypothetical protein NE0241 from Nitrosomonas europaea. 著者: Osipiuk, J. / Cuff, M. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zx3.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zx3.ent.gz | 20.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zx3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zx3_validation.pdf.gz | 432.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zx3_full_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zx3_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zx3_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is unknown |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14840.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア) 株: ATCC 19718 / 遺伝子: NE0241 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 30248265, UniProt: Q82XL7*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 1.4 M sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 4689 / Num. obs: 4689 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 43.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique all: 363 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 21.76 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.733 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
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