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- PDB-1zw8: Solution structure of a ZAP1 zinc-responsive domain provides insi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zw8
タイトルSolution structure of a ZAP1 zinc-responsive domain provides insights into metalloregulatory transcriptional repression in Saccharomyces cerevisiae
要素Zinc-responsive transcriptional regulator ZAP1
キーワードTRANSCRIPTION / ZAP1 / interacting C2H2 zinc fingers / beta-beta-alpha / NMR solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to zinc ion starvation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #370 / Zap1, zinc finger 2 / : / Zap1 zinc finger 2 / Zap1, C2H2 zinc finger 1 / : / C2H2-type zinc finger / Helix Hairpins / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger ...Helix Hairpins - #370 / Zap1, zinc finger 2 / : / Zap1 zinc finger 2 / Zap1, C2H2 zinc finger 1 / : / C2H2-type zinc finger / Helix Hairpins / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-responsive transcriptional regulator ZAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, cartesian refinement
データ登録者Wang, Z. / Feng, L.S. / Venkataraman, K. / Matskevich, V.A. / Parasuram, P. / Laity, J.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of a Zap1 zinc-responsive domain provides insights into metalloregulatory transcriptional repression in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Wang, Z. / Feng, L.S. / Matskevich, V. / Venkataraman, K. / Parasuram, P. / Laity, J.H.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Zinc fingers can act as Zn(II) sensors to regulate transcriptional activation domain function
著者: Bird, A.J. / McCal, K. / Kramer, M. / Blankman, E. / Winge, D.R. / Eid, D.J.
#2: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1997
タイトル: Zap1p, a metalloregulatory protein involved in zinc-responsive transcriptional regulation in Saccharomyces cerevisiae
著者: Zhao, H. / Eide, D.J.
履歴
登録2005年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc-responsive transcriptional regulator ZAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5503
ポリマ－7,4191
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Zinc-responsive transcriptional regulator ZAP1


分子量: 7419.285 Da / 分子数: 1 / 断片: two interacting zinc fingers
変異: three non-canonical cyteines converted to alanines due to oxidative instability
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: Zap1 gene derived from pYeF2ZAP1. (Gift from D.J. Eide, University of Wisconsin-Madison). ZZF1-2 portion of gene cloned into pET-21a plasmid (Novagen). Further details can be found in entry citation.
遺伝子: ZAP1 / プラスミド: p21a-zzf1-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P47043
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: pulse squences were from the Varian BioPack software package add-on within VNMR two 3D 13C-NOESY-HSQC spectra were recorded in 99% (v/v)D2O with carrier centered on aliphatic (43 ppm) and ...Text: pulse squences were from the Varian BioPack software package add-on within VNMR two 3D 13C-NOESY-HSQC spectra were recorded in 99% (v/v)D2O with carrier centered on aliphatic (43 ppm) and aromatic (125 ppm) regions, respectiviely.

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM protein, 1.5 mM Zn(II), 20 mM MES, 0.2 mM DSS, 1 mM NaN2, 5 mM Beta-mercaptoethanol
溶媒系: 90% H2O, 10% D2O or 99% D2O
試料状態イオン強度: no salt / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1
開発者: A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren
分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, cartesian refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: 1443 NOE-derived distance restraints, and 98 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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