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- PDB-1zv8: A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zv8
タイトルA structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion
要素(E2 glycoprotein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS coronavirus / membrane fusion / S2 / virus entry / coiled coils / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Deng, Y. / Liu, J. / Zheng, Q. / Yong, W. / Dai, J. / Lu, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structures and Polymorphic Interactions of Two Heptad-Repeat Regions of the SARS Virus S2 Protein.
著者: Deng, Y. / Liu, J. / Zheng, Q. / Yong, W. / Lu, M.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: E2 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: E2 glycoprotein
L: E2 glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,13222
ポリマ－56,66712
非ポリマー46510
水3,171176
1
A: E2 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: E2 glycoprotein
D: E2 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3808
ポリマ－28,3346
非ポリマー462
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14150 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
2
G: E2 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
I: E2 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: E2 glycoprotein
L: E2 glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,75214
ポリマ－28,3346
非ポリマー4198
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.054, 55.565, 71.678
Angle α, β, γ (deg.)81.26, 87.08, 84.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a trimer of dimers, i.e. six-helix bundle

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質・ペプチド
E2 glycoprotein / Spike glycoprotein / Peplomer protein


分子量: 5433.047 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 901-950 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 株: SARS / 遺伝子: S / プラスミド: pN50/C34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/pLysis / 参照: UniProt: P59594
#2: タンパク質・ペプチド
E2 glycoprotein / Spike glycoprotein / Peplomer protein


分子量: 4011.470 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1150-1185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 株: SARS / 遺伝子: S / プラスミド: pN50/C34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/pLysis / 参照: UniProt: P59594

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→70.7 Å / Num. all: 32684 / Num. obs: 32684 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.735 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27427 1651 5.1 %RANDOM
Rwork0.2032 ---
obs0.20699 31031 93.87 %-
all-32682 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å21.91 Å22.05 Å2
2--0.42 Å20.79 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 17 176 3861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0223669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2641.9524947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7375465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.21834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3560.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3651.52369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15123822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.04331300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0244.51125
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.31 105
Rwork0.269 2063
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.402-1.873-5.60954.00374.351223.29080.11840.08320.1499-0.09520.0628-0.1461-0.7425-0.02-0.18110.0558-0.0633-0.05590.1217-0.00380.24425.6353-19.236123.3669
23.6794-0.2115-2.6283.4998-0.501618.01080.0747-0.27240.23190.18870.1273-0.2778-0.59330.6395-0.20210.1204-0.0679-0.06210.2833-0.02660.325913.1809-20.132629.2382
34.6987-0.59-6.70882.9553-0.049417.4494-0.0764-0.1741-0.08940.0177-0.0338-0.27130.15230.52510.11020.1145-0.0065-0.07340.1622-0.00460.26679.9173-27.612327.0299
49.6654-2.2795-8.01772.78891.772111.9621-0.379-0.119-0.6290.0909-0.06110.14180.8694-0.08660.44010.2648-0.0431-0.06110.17170.03480.2812.1122-33.842528.9605
57.6663-2.5224-9.59323.28513.675220.7364-0.09470.2131-0.1580.0275-0.01670.08230.5012-0.4160.11150.0837-0.0448-0.07630.10380.01290.22860.8587-27.905222.7574
64.1771-2.9334-5.89675.81237.323226.5885-0.06520.059-0.03020.10270.00690.2298-0.3791-0.67130.05840.0891-0.0118-0.04940.140.02690.2311-2.6629-18.450223.9645
72.3352-0.8107-6.92551.97372.751926.76980.0083-0.05010.11420.06680.09250.0684-0.1570.2788-0.10080.0491-0.03-0.02980.11230.01210.237-2.4615.43034.707
8-0.1033-0.1297-0.12571.9699-1.277622.15890.1274-0.20320.14880.21230.0484-0.017-0.48890.4923-0.17580.0965-0.052-0.03440.2853-0.0310.26574.85044.20589.9961
93.42080.6221-7.46791.7916-2.760920.9919-0.01-0.14990.02340.00860.04470.00760.22610.6796-0.03470.0986-0.0125-0.06380.1543-0.03780.20452.4899-2.4937.923
105.4935-0.4428-7.26762.2675-0.259113.2999-0.3703-0.0722-0.18740.08010.16890.21910.99720.15380.20140.2418-0.0101-0.05540.1518-0.00150.2373-4.4201-9.5049.816
114.3239-0.9338-7.28381.56231.111816.8213-0.06880.28190.0199-0.00510.10980.10760.5039-0.4681-0.0410.1249-0.0656-0.05610.13070.01960.2355-6.3353-3.58433.9036
122.2894-1.5203-4.08853.17854.771618.1759-0.0440.26510.01880.1069-0.05460.2484-0.2418-0.76660.09870.1135-0.0215-0.00290.1880.0460.2904-11.13436.10258.4754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 491 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 315 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 472 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4DD5 - 335 - 33
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 491 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6FF4 - 334 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 501 - 50
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 341 - 34
9X-RAY DIFFRACTION9II1 - 491 - 49
10X-RAY DIFFRACTION10JJ4 - 334 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11KK1 - 501 - 50
12X-RAY DIFFRACTION12LL3 - 363 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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