[日本語] English
万見
- PDB-1zux: EosFP Fluorescent Protein- Green Form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zux
タイトルEosFP Fluorescent Protein- Green Form
要素green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / fluorescent protein / photoconversion / peptide bond cleavage / beta-elimination
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
類似検索 - 構成要素
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nar, H. / Nienhaus, K. / Wiedenmann, J. / Nienhaus, G.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural basis for photo-induced protein cleavage and green-to-red conversion of fluorescent protein EosFP.
著者: Nienhaus, K. / Nienhaus, G.U. / Wiedenmann, J. / Nar, H.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE RESIDUES HIS 62, TYR 63 AND GLY 64 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE CR8 LABELLED AS ...SEQUENCE RESIDUES HIS 62, TYR 63 AND GLY 64 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE CR8 LABELLED AS RESIDUE 64 IN THE COORDINATES.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
B: green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
C: green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
D: green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2294
ポリマ－103,2294
非ポリマー00
水11,385632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.270, 106.480, 121.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細dimer of dimers, the typical quarternary structure of anthozoan fluorescent proteins

-
要素

#1: タンパク質
green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP


分子量: 25807.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15pREP4 / 参照: GenBank: 55667942, UniProt: Q5S6Z9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月20日 / 詳細: Osmic Blue
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 79379 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.193 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible obs: 78.2 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Num. measured obs: 6295 / Χ2: 2.212 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1btj

1btj


解像度: 1.85→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 3982 4.9 %
Rwork0.211 --
obs-79315 97 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.598 Å20 Å20 Å2
2--2.976 Å20 Å2
3----2.378 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7100 0 0 632 7732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:dna-rna_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:ion.paramMSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5chromo2.parchromo2.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る