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万見
- PDB-1zub: Solution Structure of the RIM1alpha PDZ Domain in Complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zub
タイトルSolution Structure of the RIM1alpha PDZ Domain in Complex with an ELKS1b C-terminal Peptide
要素
  • ELKS1b
  • Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / PDZ domain / complex / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / extrinsic component of presynaptic active zone membrane / acrosomal vesicle exocytosis / maintenance of presynaptic active zone structure / positive regulation of synaptic vesicle priming / structural constituent of presynaptic active zone / regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / spontaneous neurotransmitter secretion / IkappaB kinase complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis ...positive regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / extrinsic component of presynaptic active zone membrane / acrosomal vesicle exocytosis / maintenance of presynaptic active zone structure / positive regulation of synaptic vesicle priming / structural constituent of presynaptic active zone / regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / spontaneous neurotransmitter secretion / IkappaB kinase complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle docking / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of dendrite extension / inhibitory synapse / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / podosome / neurotransmitter secretion / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle priming / presynaptic cytosol / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / PDZ domain binding / regulation of membrane potential / intracellular protein transport / SH3 domain binding / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / GABA-ergic synapse / small GTPase binding / synaptic vesicle / long-term synaptic potentiation / protein transport / protein-containing complex assembly / presynaptic membrane / vesicle / transmembrane transporter binding / cell differentiation / postsynaptic density / ciliary basal body / Golgi membrane / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / protein kinase binding / glutamatergic synapse / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / : / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / : / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1 / Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lu, J. / Li, H. / Wang, Y. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of the RIM1alpha PDZ Domain in Complex with an ELKS1b C-terminal Peptide
著者: Lu, J. / Li, H. / Wang, Y. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
履歴
登録2005年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1
B: ELKS1b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5382
ポリマ－13,5382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1 / Rab3-interacting molecule 1 / RIM 1


分子量: 12244.122 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rims1, Rim1 / プラスミド: pGEX-KT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon+ / 参照: UniProt: Q9JIR4
#2: タンパク質・ペプチド ELKS1b / ERC protein 1 / ERC1 / CAZ-associated structural protein 2 / CAST2 / RAB6 interacting protein 2 / C- ...ERC protein 1 / ERC1 / CAZ-associated structural protein 2 / CAST2 / RAB6 interacting protein 2 / C-terminal peptide


分子量: 1294.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rab6ip2, Cast2, Elks, Erc1 / プラスミド: pTMHa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q811U3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1343D 15N-separated NOESY
1453D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM Rim1alpha PDZ domain U-15N, 0.75mM ELKS1b C-terminal peptide, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM Rim1alpha PDZ domain U-15N, 13C, 0.75mM ELKS1b C-terminal peptide, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5mM Rim1alpha PDZ domain U-15N,10%-13C, 0.75mM ELKS1b C-terminal peptide, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5mM ELKS1b C-terminal peptide U-15N, 0.75mM Rim1alpha PDZ domain, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
50.5mM ELKS1b C-terminal peptide U-15N, 13C, 0.75mM Rim1alpha PDZ domain, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5mM ELKS1b C-terminal peptide U-15N, 10%-13C, 0.75mM Rim1alpha PDZ domain, 20mM Mes buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger精密化
NMRPipe2.3Delaglio解析
NMRView5.1Johnsonデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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