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万見
- PDB-1zu1: Solution Structure of the N-terminal Zinc Fingers of the Xenopus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zu1
タイトルSolution Structure of the N-terminal Zinc Fingers of the Xenopus laevis double stranded RNA binding protein ZFa
要素RNA binding protein ZFa
キーワードRNA BINDING PROTEIN / zinc finger protein / helix-loop-helix / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-finger of C2H2 type / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 346
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Moller, H.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the N-terminal zinc fingers of the Xenopus laevis double-stranded RNA-binding protein ZFa
著者: Moller, H.M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2005年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA binding protein ZFa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2033
ポリマ－14,0721
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 RNA binding protein ZFa / dsRBP-ZFa


分子量: 14071.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AVN9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1233D 13C-separated NOESY
131HNHA
1433D HACAHB-COSY
15313C [13CO] and 13C [15N] spin-echo difference CT HSQC
NMR実験の詳細Text: The protein consists of two domains that tumble more or less independently. The linker connecting both domains is completely disorderd.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM dsRBP-ZFa2-128 U-15N, 25mM Tris-Buffer, 100mM NaCl, 2mM DTT, pH=6.9, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM dsRBP-ZFa2-128 U-15N,13C, 25mM Tris-Buffer, 100mM NaCl, 2mM DTT, pH=6.9, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31mM dsRBP-ZFa2-128 U-15N,13C, 25mM Tris-Buffer, 100mM NaCl, 2mM DTT, pH=6.9, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1-3.5Brukercollection
NMRPipe2.3F.Delaglio,S.Grzesiek,G.W.Vuister,Z.Guang,J.Pfeifer,A.Bax解析
NMRView5.0.4B.A.Johnson,R.A.Blevinsデータ解析
CYANA1.0.5P.Guntert,C.Mumenthaler,K.Wuthrich構造決定
Amber8D.A.Case,T.Cheatham,T.Darden,H.Gohlke,R.Luo,K.M.J.Merz,A.Onufriev,C.Simmerling,B.Wang,R.Woods.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1142 unique NOE restraints, 216 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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