PDB-1ztz: Crystal structure of HIV protease- metallacarborane complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ztz

タイトル

Crystal structure of HIV protease- metallacarborane complex

要素

PROTEASE RETROPEPSIN
autoproteolytic tetrapeptide

キーワード

HYDROLASE / rational drug design / HIV protease inhibitors / aspartic proteases / carboranes / metallacarboranes

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Cigler, P. / Kozisek, M. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Otwinowski, Z. / Sedlacek, J. / Bodem, J. / Kraeusslich, H.-G. / Kral, V. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: From nonpeptide toward noncarbon protease inhibitors: Metallacarboranes as specific and potent inhibitors of HIV protease
著者: Cigler, P. / Kozisek, M. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Otwinowski, Z. / Pokorna, J. / Plesek, J. / Gruner, B. / Doleckova-Maresova, L. / Masa, M. / Sedlacek, J. / Bodem, J. / Kraeusslich, H.- ...

履歴

登録	2005年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ztz.cif.gz	59.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ztz.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ztz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ztz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ztz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	1ztz_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	1ztz_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1ztz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1ztz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nh0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sip-1 3aid-d 5upj-d 4npt-1 4j5j-d 1siv-d 1kzk-d 3upj-d 1z1h-d 5b18-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

P: autoproteolytic tetrapeptide

ヘテロ分子

22.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

P: autoproteolytic tetrapeptide

ヘテロ分子

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

P: autoproteolytic tetrapeptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.321, 67.181, 42.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.99, 90.00
Int Tables number	5
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1065- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	1 - 32	1 - 32
2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	1 - 32	1 - 32
1	2	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	63 - 99	63 - 99
2	2	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	63 - 99	63 - 99

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

biologically active unit is HIV PR dimer

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10804.808 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	autoproteolytic tetrapeptide 分子量: 288.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-CB5 / COBALT BIS(1,2-DICARBOLLIDE) 分子量: 323.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₂₂B₁₈Co
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 2.0M Ammonium dihydrogen Phospate, 0.1M Tric.Cl pH 8.5, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月23日詳細: Flat pre-mirror, a fixed-exit sagital focusing double Silicon (111) crystal monochromator and a vertical focusing mirror. Both mirrors are Rhodium-coated.
放射	モノクロメーター: Silicon (111) crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 12431 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1nh0

1nh0

解像度: 2.15→28.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.72 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23258	642	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17592	-	-	-
obs	0.17864	12431	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.323 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1520	0	46	202	1768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.929	2.126	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.555	5	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.898	25.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.485	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.26	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.884	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.925	1.5	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.513	2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.674	3	720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.13	4.5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	245	medium positional	0.42	0.5
2	272	medium positional	0.35	0.5
1	245	medium thermal	1.17	2
2	272	medium thermal	1.15	2

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	42	-
R_work	0.249	891	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9504	0.6307	0.257	4.5756	-5.0335	10.3446	0.0304	-0.1147	0.0014	-0.062	0.1337	0.474	0.3639	-0.6573	-0.164	-0.184	-0.0218	-0.006	-0.0525	0.0025	-0.1733	21.742	-0.133	2.931
2	2.8347	0.6332	0.108	4.5276	-4.788	11.7156	0.0605	0.1085	0.0846	-0.4912	0.1683	0.3396	0.7135	-0.6359	-0.2288	-0.125	-0.0227	-0.0236	-0.0776	0.0054	-0.21	21.813	0.902	-3.191
3	3.6704	-1.3678	-1.5392	5.14	-2.1093	5.2394	0.1741	-0.0371	0.1618	-0.0745	-0.2255	-0.3557	0.0015	0.1408	0.0513	-0.151	-0.0555	-0.0315	-0.1121	0.0122	-0.1623	28.956	-4.889	11.944
4	1.6229	-0.4501	1.3406	5.8238	-1.3799	4.8464	0.0802	0.0024	0.0422	-0.6192	-0.179	-0.559	0.1714	0.165	0.0989	-0.1066	0.0503	0.0524	-0.0911	0.0346	-0.1099	28.535	6.409	-11.894
5	11.7814	2.2966	-5.1688	2.148	-1.4511	3.8735	-0.1883	-0.6203	-1.0502	-0.1682	-0.1576	-0.3721	0.5157	0.4888	0.346	-0.2025	0.0609	-0.0801	-0.1362	0.0665	-0.037	39.885	-11.555	11.786
6	7.295	-0.4752	0.3232	21.083	0.1367	1.6213	-0.1814	0.2295	0.745	-0.5821	-0.3796	-4.6392	-0.0576	0.4168	0.5609	-0.0844	0.0456	0.1681	-0.0433	0.1798	0.8935	39.073	14.09	-12.166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	86 - 99	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 9	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	86 - 99	86 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	10 - 32	10 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	63 - 85	63 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 32	10 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	63 - 85	63 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 62	33 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	33 - 62	33 - 62

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)