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- PDB-1zto: INACTIVATION GATE OF POTASSIUM CHANNEL RCK4, NMR, 8 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zto
タイトルINACTIVATION GATE OF POTASSIUM CHANNEL RCK4, NMR, 8 STRUCTURES
要素POTASSIUM CHANNEL PROTEIN RCK4
キーワードPOTASSIUM CHANNEL / INACTIVATION GATE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels / axon initial segment / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / action potential / potassium ion binding / voltage-gated potassium channel activity / asymmetric synapse / monoatomic ion channel activity ...regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels / axon initial segment / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / action potential / potassium ion binding / voltage-gated potassium channel activity / asymmetric synapse / monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / dendritic shaft / potassium ion transport / protein homooligomerization / presynaptic membrane / monoatomic ion transmembrane transport / postsynaptic membrane / dendritic spine / axon / glutamatergic synapse / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain superfamily / Potassium channel Kv1.4 tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain superfamily / Potassium channel Kv1.4 tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / MD
データ登録者Antz, C. / Geyer, M. / Fakler, B. / Schott, M. / Frank, R. / Guy, H.R. / Ruppersberg, J.P. / Kalbitzer, H.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: NMR structure of inactivation gates from mammalian voltage-dependent potassium channels.
著者: Antz, C. / Geyer, M. / Fakler, B. / Schott, M.K. / Guy, H.R. / Frank, R. / Ruppersberg, J.P. / Kalbitzer, H.R.
履歴
登録1996年11月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL PROTEIN RCK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1171
ポリマ－4,1171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 200
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド POTASSIUM CHANNEL PROTEIN RCK4


分子量: 4116.628 Da / 分子数: 1 / 断片: INACTIVATION GATE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15385

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINATION USING HOMONUCLEAR 1H NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

試料状態pH: 3.5 / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
XWINNMRモデル構築
X-PLOR精密化
XWINNMR精密化
X-PLOR位相決定
XWINNMR位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
XwinNMR構造決定
AURELIA (BRUKER)(BRUKER)構造決定
精密化手法: MD / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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