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- PDB-1zsg: beta PIX-SH3 complexed with an atypical peptide from alpha-PAK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zsg
タイトルbeta PIX-SH3 complexed with an atypical peptide from alpha-PAK
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 7
  • Serine/threonine-protein kinase PAK 1
キーワードTRANSFERASE / SH3-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration ...negative regulation of microtubule nucleation / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Activation of RAC1 / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of fibroblast migration / lamellipodium assembly / regulation of axonogenesis / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / branching morphogenesis of an epithelial tube / mitotic spindle pole / establishment of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / intercalated disc / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOA GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of protein targeting to membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of axon extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / collagen binding / positive regulation of stress fiber assembly / neuron projection morphogenesis / ruffle / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of GTPase activity / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / CD209 (DC-SIGN) signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / cerebellum development / EGFR downregulation / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / Z disc / cellular response to insulin stimulus / G beta:gamma signalling through CDC42 / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell junction / nervous system development / lamellipodium / chromosome / actin cytoskeleton organization / cell cortex / nuclear membrane / response to hypoxia / neuron projection / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simluated annealing with torsion angle dynamics, Cartesian dynamics cooling
データ登録者Mott, H.R. / Nietlispach, D. / Evetts, K.A. / Owen, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis of the SH3 Domain of beta-PIX and Its Interaction with alpha-p21 Activated Kinase (PAK)
著者: Mott, H.R. / Nietlispach, D. / Evetts, K.A. / Owen, D.
履歴
登録2005年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9232
ポリマ－9,9232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix / COOL-1 / p85 / PIX-SH3


分子量: 7499.181 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 179-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF7, COOL1, KIAA0142, P85SPR, PAK3BP, PIXB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q14155
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / P65-PAK / Alpha-PAK / PAk peptide


分子量: 2423.721 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 183-204 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: Q13153, EC: 2.7.1.37

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
23213C,15N-filtered, 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM 15N labelled PIX-SH3 complexed with 1.2 mM peptide in 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, pH 7.3, 100mM Na2SO4, 0.05% NaN3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM 15N,13C labelled PIX-SH3 complexed with 1.2 mM peptide in 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, pH 7.3, 100mM Na2SO4, 0.05% NaN3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM Na2SO4 7.31 atm298 K
2100 mM Na2SO4 7.31 atm298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
Azara2.7Boucher解析
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
ARIA1.2Linge & Nilges構造決定
CNS1.1Brunger et al構造決定
CNS1.1Brunger et al精密化
精密化手法: simluated annealing with torsion angle dynamics, Cartesian dynamics cooling
ソフトェア番号: 1
詳細: Total of 1788 unambiguous and 761 ambiguous NOE derieved distance restraints, 33 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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