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万見
- PDB-1zs4: Structure of bacteriophage lambda cII protein in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zs4
タイトルStructure of bacteriophage lambda cII protein in complex with DNA
要素
  • (DNA - 27mer) x 2
  • Regulatory protein CII
キーワードtranscription/DNA / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION ACTIVATOR / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral latency / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription activator CII / Bacteriophage CII protein / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional activator II
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jain, D. / Kim, Y. / Maxwell, K.L. / Beasley, S. / Gussin, G.N. / Edwards, A.M. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Bacteriophage lambdacII and Its DNA Complex.
著者: Jain, D. / Kim, Y. / Maxwell, K.L. / Beasley, S. / Zhang, R. / Gussin, G.N. / Edwards, A.M. / Darst, S.A.
履歴
登録2005年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: DNA - 27mer
T: DNA - 27mer
A: Regulatory protein CII
B: Regulatory protein CII
C: Regulatory protein CII
D: Regulatory protein CII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8706
ポリマ－53,8706
非ポリマー00
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.771, 97.132, 59.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA - 27mer


分子量: 8264.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#2: DNA鎖 DNA - 27mer


分子量: 8318.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#3: タンパク質
Regulatory protein CII


分子量: 9321.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: CII / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03042
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: PEG 550 MME, SODIUM ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 55011
2Sodium acetate11
3PEG 55012

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98396, 0.97903, 0.97922, 0.96384
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月24日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.983961
20.979031
30.979221
40.963841
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54170 / % possible obs: 97.3 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.228 2608 RANDOM
Rwork0.209 --
all-59978 -
obs-54170 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 1100 0 417 3999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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