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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zrv | ||||||
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タイトル | solution structure of spinigerin in H20/TFE 50% | ||||||
要素 | spinigerin | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / ANTIBIOTIC / helical peptide in TFE | ||||||
機能・相同性 | defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Spinigerin 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Landon, C. / Meudal, H. / Boulanger, N. / Bulet, P. / Vovelle, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2006 タイトル: Solution structures of stomoxyn and spinigerin, two insect antimicrobial peptides with an alpha-helical conformation. 著者: Landon, C. / Meudal, H. / Boulanger, N. / Bulet, P. / Vovelle, F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Insect immunity. Constitutive expression of a cysteine-rich antifungal and a linear antibacterial peptide in a termite insect 著者: Lamberty, M. / Zachary, D. / Lanot, R. / Bordereau, C. / Robert, A. / Hoffmann, J.A. / Bulet, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zrv.cif.gz | 103.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zrv.ent.gz | 86.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zrv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zrv_validation.pdf.gz | 332.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zrv_full_validation.pdf.gz | 386.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zrv_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zrv_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/1zrv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3008.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid-phase synthesis (Fmoc). Sequence occurs naturally in Pseudacanthotermes spiniger 参照: UniProt: P82357 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.7mM spinigerin / 溶媒系: 50% H2O, 50% TFE |
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試料状態 | pH: 5.7 / 圧: ambiant / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 548 distance NOE-derived restraints | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: representative conformer | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |