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万見
- PDB-1zrr: Residual Dipolar Coupling Refinement of Acireductone Dioxygenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zrr
タイトルResidual Dipolar Coupling Refinement of Acireductone Dioxygenase from Klebsiella
要素E-2/E-2' protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / nickel / cupin / beta helix / methionine salvage
機能・相同性
機能・相同性情報


acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] / acireductone dioxygenase (Ni2+-requiring) activity / acireductone dioxygenase [iron(II)-requiring] activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nickel cation binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Acireductone dioxygenase ARD, bacteria / Acireductone dioxygenase ARD family / ARD/ARD' family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Acireductone dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法溶液NMR / combined torsional, cartesian dynamics simulated annealing with residual dipolar couplings, NOE, chemical shift, dihedral restraints
データ登録者Pochapsky, T.C. / Pochapsky, S.S. / Ju, T. / Hoefler, C. / Liang, J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2006
タイトル: A refined model for the structure of acireductone dioxygenase from Klebsiella ATCC 8724 incorporating residual dipolar couplings
著者: Pochapsky, T.C. / Pochapsky, S.S. / Ju, T. / Hoefler, C. / Liang, J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Modeling and experiment yields the structure of acireductone dioxygenase from Klebsiella pneumoniae
著者: Pochapsky, T.C. / Pochapsky, S.S. / Ju, T. / Mo, H. / Al-Mjeni, F. / Maroney, M.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Mechanistic Studies of two Dioxygenases from the methionine salvage pathway of Klebsiella pneumoniae
著者: Dai, Y. / Pochapsky, T.C. / Abeles, R.H.
履歴
登録2005年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2006年10月24日ID: 1M4O
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E-2/E-2' protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2782
ポリマ－20,2191
非ポリマー591
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / -
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 E-2/E-2' protein


分子量: 20219.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZFE7
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 1 mM aRD 15N labeled in 5% orienting medium (either filamentous phage or C12E5 polymer) pH 7.4, 20 mM KPi; 90/10 H2O/D2O
溶媒系: 90/10 H2O/D2O

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: 精密化
精密化手法: combined torsional, cartesian dynamics simulated annealing with residual dipolar couplings, NOE, chemical shift, dihedral restraints
ソフトェア番号: 1
詳細: Metal binding site modeled from XAFS data, paramagnetically broadened backbone residues modeled from pdb entry 1VR3 (ARD homologue from Mus musculus).
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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