+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zpw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a hypothetical protein TT1823 from Thermus thermophilus | ||||||
![]() | hypothetical protein TT1823 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hyphotetical protein / Thermus thermophilus / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ihsanawati / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein TT1823 from Thermus thermophilus 著者: Ihsanawati / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 20.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 423 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10399.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 |
|
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||
放射 |
| |||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 11711 / Num. obs: 11711 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 18.69 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / % possible all: 99.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.153 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→25.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.641→1.684 Å / Total num. of bins used: 20 /
|