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万見
- PDB-1zov: Crystal Structure of Monomeric Sarcosine Oxidase from Bacillus sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zov
タイトルCrystal Structure of Monomeric Sarcosine Oxidase from Bacillus sp. NS-129
要素Monomeric sarcosine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sarcosine oxidase, monomeric / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Monomeric sarcosine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Nagata, K. / Sasaki, H. / Ohtsuka, J. / Hua, M. / Okai, M. / Kubota, K. / Kamo, M. / Ito, K. / Ichikawa, T. / Koyama, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: PROC.JPN.ACAD.,SER.B / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. NS-129 reveals multiple conformations at the active-site loop
著者: Nagata, K. / Sasaki, H. / Hua, M. / Okai, M. / Kubota, K. / Kamo, M. / Ito, K. / Ichikawa, T. / Koyama, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2005年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monomeric sarcosine oxidase
B: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2246
ポリマ－85,5822
非ポリマー1,6424
水8,719484
1
A: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6123
ポリマ－42,7911
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Monomeric sarcosine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6123
ポリマ－42,7911
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.042, 171.042, 72.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Monomeric sarcosine oxidase / MSOX


分子量: 42790.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: NS-129
参照: UniProt: P23342, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl buffer (pH 8.5), 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月22日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLECRYSTAL MONOCHROMATOR USING Si(111) CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 101469 / Num. obs: 101469 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L9F

1l9f
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.86→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.722 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.102
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19144 4408 5 %RANDOM
Rwork0.15769 ---
all0.15937 105630 --
obs0.15937 83295 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5940 0 108 484 6532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9588454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821312392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.26257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0920.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8841.53763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55426030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17232453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4864.52424
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.226216
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.9242486
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.46726046
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.906 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 315
Rwork0.205 5538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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