PDB-1zor: Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zor

タイトル

Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Thermotoga maritima

要素

isocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / wild type enzyme / cis-proline / thermostable

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Karlstrom, M. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of a hyperthermostable subfamily II isocitrate dehydrogenase from Thermotoga maritima.
著者: Karlstrom, M. / Steen, I.H. / Madern, D. / Fedoy, A.E. / Birkeland, N.K. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2005年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zor.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zor.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zor_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zor_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	1zor_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	1zor_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/1zor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lwdS 1t0lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hcx-d 2g6n-d 1om5-d 4upr-d 4cft-d 1p6h-d 3nlr-d 1zvl-d 6av5-d 4fvz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: isocitrate dehydrogenase

B: isocitrate dehydrogenase

ヘテロ分子

91 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.470, 88.051, 180.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	B
1	3	A
1	4	B
1	5	A
1	6	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1

Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	ASN	ASN	4	A	A	129 - 140	129 - 140
1	2	ILE	ILE	ASN	ASN	4	B	B	129 - 140	129 - 140
2	3	VAL	VAL	LYS	LYS	2	A	A	174 - 229	174 - 229
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	2	B	B	174 - 229	174 - 229
3	5	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	245 - 285	245 - 285
3	6	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	245 - 285	245 - 285

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	isocitrate dehydrogenase 分子量: 45468.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1148 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0N2, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 6000, Sodium Acetate, Succinate, NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.996 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月28日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→35.56 Å / Num. all: 49143 / Num. obs: 48990 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.38 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.84
反射シェル	解像度: 2.24→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique all: 2500 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LWD, 1T0L

1lwd

1t0l

解像度: 2.24→35.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.036 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22317	2477	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18449	-	-	-
all	0.18647	48988	-	-
obs	0.18647	46511	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.332 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→35.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6358	0	2	428	6788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.969	9027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.496	5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.321	24.441	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.376	15	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.497	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.153	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.87	2	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.646	3	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.658	4.5	2415

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
376	tight positional	0.04	0.05
456	medium positional	0.25	0.5
376	tight thermal	0.12	0.5
456	medium thermal	0.7	2

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.294 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	162	-
R_work	0.223	3283	-
obs	-	-	96.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.105	0.826	0.023	3.3206	-0.3159	1.2349	-0.0507	0.0506	0.0322	-0.2106	0.0743	-0.1672	0.0372	0.0582	-0.0236	-0.2799	0.0061	0.0375	-0.2009	-0.0027	-0.2129	64.2719	35.8132	-47.1731
2	1.4747	-0.061	-0.3046	2.3548	-0.0212	1.6782	0.0267	-0.0993	0.2293	0.5103	0.119	0.5299	-0.238	-0.3346	-0.1457	-0.0829	0.0894	0.1528	-0.0838	0.0527	-0.0754	45.0415	31.91	-23.3408
3	3.7978	0.8744	0.6488	2.9856	-0.501	3.8641	0.3436	-0.8793	0.2557	1.1801	-0.1749	0.1743	-0.8804	-0.3513	-0.1687	0.6405	-0.0326	0.2664	0.2374	-0.1597	-0.0542	50.0244	42.1065	5.3578

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 120	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	286 - 399	286 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	121 - 285	121 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	121 - 285	121 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	4 - 120	4 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	286 - 399	286 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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