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- PDB-1zny: Crystal Structure Of Mycobacterium tuberculosis Guanylate Kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zny
タイトルCrystal Structure Of Mycobacterium tuberculosis Guanylate Kinase In Complex With GDP
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Guanylate kinase / GMP kinase / ATP:GMP-phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP binding / guanylate kinase / guanylate kinase activity / adenylate kinase activity / GDP binding / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanylate kinase / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hible, G. / Christova, P. / Renault, L. / Seclaman, E. / Thompson, A. / Girard, E. / Munier-Lehmann, H. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Unique GMP-binding site in Mycobacterium tuberculosis guanosine monophosphate kinase
著者: Hible, G. / Christova, P. / Renault, L. / Seclaman, E. / Thompson, A. / Girard, E. / Munier-Lehmann, H. / Cherfils, J.
履歴
登録2005年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4342
ポリマ－21,9911
非ポリマー4431
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.046, 113.046, 113.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-305-

HOH

詳細The biological unit is monomeric

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要素

#1: タンパク質 Guanylate kinase / / GMP kinase


分子量: 21991.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gmk (RV1389) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5I4, UniProt: P9WKE9*PLUS, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% (w/v) xylitol, 3.5M sodium chloride, 0.1M sodium Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(311) monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 10829 / Num. obs: 10829 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 32.8 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / 冗長度: 33.3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 791 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZNW

1znw


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.867 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23581 537 5 %RANDOM
Rwork0.18392 ---
all0.18641 10834 --
obs0.18641 10297 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1389 0 28 57 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.9861970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88333157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9095182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2280.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6671.5909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25321467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0233534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3354.5503
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 37 -
Rwork0.199 754 -
obs-791 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5963-2.2237-0.58953.23110.35355.5817-0.26350.0491-0.09050.08450.09810.1022-0.2869-0.13170.16540.0817-0.04770.01040.08970.02710.102317.770.80742.791
211.3061.68730.89155.1959-5.45726.4847-0.03810.51580.1128-0.3568-0.3283-0.26190.18790.17320.36650.16760.00780.02720.19190.03480.050927.4231.76225.446
32.23430.8352-0.3827.6708-0.34174.34260.1510.109-0.0866-0.3752-0.1206-0.212-0.07830.1992-0.03040.1440.1287-0.01060.13290.02460.065815.84323.31941.453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA20 - 5019 - 49
2X-RAY DIFFRACTION1AA102 - 140101 - 139
3X-RAY DIFFRACTION1AA180 - 201179 - 200
4X-RAY DIFFRACTION2AA51 - 10150 - 100
5X-RAY DIFFRACTION2AB300
6X-RAY DIFFRACTION3AA141 - 179140 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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