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- PDB-1znp: X-Ray Crystal Structure of Protein Q8U9W0 from Agrobacterium tume... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1znp
タイトルX-Ray Crystal Structure of Protein Q8U9W0 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium Target AtR55.
要素hypothetical protein Atu3615
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / ATR55 / Q8U9W0 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Cupin domain of unknown function DUF985 / Uncharacterized protein YML079W-like / Cupin superfamily (DUF985) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF985 domain-containing protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Vorobiev, S.M. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray structure of the hypothetical protein Q8U9W0 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium target AtR55.
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Vorobiev, S.M. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Atu3615
B: hypothetical protein Atu3615
C: hypothetical protein Atu3615
D: hypothetical protein Atu3615
E: hypothetical protein Atu3615
F: hypothetical protein Atu3615
G: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1037
ポリマ－120,1037
非ポリマー00
水3,243180
1
A: hypothetical protein Atu3615
B: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3152
ポリマ－34,3152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: hypothetical protein Atu3615
C: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3152
ポリマ－34,3152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
3
E: hypothetical protein Atu3615

F: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3152
ポリマ－34,3152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
4
D: hypothetical protein Atu3615

G: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3152
ポリマ－34,3152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area2560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
5
G: hypothetical protein Atu3615

G: hypothetical protein Atu3615


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3152
ポリマ－34,3152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.967, 91.323, 291.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein Atu3615


分子量: 17157.613 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: AGR L 2421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q8U9W0, UniProt: A9CFG3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na citrate, PEG 20K (20%), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 68222 / Num. obs: 68197 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→27.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 181020.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3022 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 61003 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.5411 Å2 / ksol: 0.365072 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.297 Å20 Å20 Å2
2---11.123 Å20 Å2
3---13.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7570 0 0 180 7750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 428 4.9 %
Rwork0.266 8234 -
obs--77.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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