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万見
- PDB-1zno: Crystal Structure of VC702 from Vibrio Cholerae, Northeast Struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zno
タイトルCrystal Structure of VC702 from Vibrio Cholerae, Northeast Structural Genomics Consortium Target: VcP1
要素Hypothetical UPF0244 protein VC0702
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / mixed alpha/beta sandwich / homodimer / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine/xanthosine triphosphatase / ITPase activity / thiamine metabolic process / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine/xanthosine triphosphatase / Non-canonical purine NTP phosphatase/PRRC1 / : / Protein of unknown function DUF84 / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine/xanthosine triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ni, S. / Forouhar, F. / Bussiere, D.E. / Robinson, H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of VC0702 at 2.0 A: conserved hypothetical protein from Vibrio cholerae.
著者: Ni, S. / Forouhar, F. / Bussiere, D.E. / Robinson, H. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
B: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8135
ポリマ－41,7402
非ポリマー733
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
B: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
ヘテロ分子

A: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
B: Hypothetical UPF0244 protein VC0702
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,62610
ポリマ－83,4804
非ポリマー1466
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area8950 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.611, 88.118, 118.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-184-

MG

21B-184-

MG

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0244 protein VC0702


分子量: 20869.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: vibrio cholerae / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q9KU27
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% Peg 4000, .1M TRis pH 8.5, .2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月23日
放射モノクロメーター: double crystal monochromater Si(111), beam focused by toroidal mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 23994 / Num. obs: 23994 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2629 1957 random
Rwork0.2296 --
obs0.23 19393 -
all-23994 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 3 144 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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