PDB-1zm7: Crystal structure of D. melanogaster deoxyribonucleoside kinase m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zm7

タイトル

Crystal structure of D. melanogaster deoxyribonucleoside kinase mutant N64D in complex with dTTP

要素

Deoxynucleoside kinase

キーワード

TRANSFERASE / Drosohila melanogaster / dnk / N64D / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Welin, M. / Skovgaard, T. / Knecht, W. / Berenstein, D. / Munch-Petersen, B. / Piskur, J. / Eklund, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the changed substrate specificity of Drosophila melanogaster deoxyribonucleoside kinase mutant N64D.
著者: Welin, M. / Skovgaard, T. / Knecht, W. / Zhu, C. / Berenstein, D. / Munch-Petersen, B. / Piskur, J. / Eklund, H.

履歴

登録	2005年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zm7.cif.gz	180.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zm7.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmxC 1oe0S 1j90 1ot3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jcs-d 3vza-d 2vp0-d 4mm1-2 6or4-1 3mle-2 2xwm-d 1n4m-3 1dam-1 1dag-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside kinase

B: Deoxynucleoside kinase

C: Deoxynucleoside kinase

D: Deoxynucleoside kinase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxynucleoside kinase

B: Deoxynucleoside kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxynucleoside kinase

D: Deoxynucleoside kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.040, 119.270, 68.388
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	THR	THR	1	A	A	12 - 51	12 - 51
2	1	THR	THR	THR	THR	1	B	B	12 - 51	12 - 51
3	1	THR	THR	THR	THR	1	C	C	12 - 51	12 - 51
4	1	THR	THR	THR	THR	1	D	D	12 - 51	12 - 51
5	2	PRO	PRO	TYR	TYR	1	A	A	53 - 161	53 - 161
6	2	PRO	PRO	TYR	TYR	1	B	B	53 - 161	53 - 161
7	2	PRO	PRO	TYR	TYR	1	C	C	53 - 161	53 - 161
8	2	PRO	PRO	TYR	TYR	1	D	D	53 - 161	53 - 161
9	3	ARG	ARG	ILE	ILE	1	A	A	163 - 164	163 - 164
10	3	ARG	ARG	ILE	ILE	1	B	B	163 - 164	163 - 164
11	3	ARG	ARG	ILE	ILE	1	C	C	163 - 164	163 - 164
12	3	ARG	ARG	ILE	ILE	1	D	D	163 - 164	163 - 164
13	4	ARG	ARG	LEU	LEU	1	A	A	167 - 191	167 - 191
14	4	ARG	ARG	LEU	LEU	1	B	B	167 - 191	167 - 191
15	4	ARG	ARG	LEU	LEU	1	C	C	167 - 191	167 - 191
16	4	ARG	ARG	LEU	LEU	1	D	D	167 - 191	167 - 191
17	5	ILE	ILE	CYS	CYS	2	A	A	192 - 200	192 - 200
18	5	ILE	ILE	CYS	CYS	2	B	B	192 - 200	192 - 200
19	5	ILE	ILE	CYS	CYS	2	C	C	192 - 200	192 - 200
20	5	ILE	ILE	CYS	CYS	2	D	D	192 - 200	192 - 200
21	6	LYS	LYS	ASP	ASP	1	A	A	201 - 208	201 - 208
22	6	LYS	LYS	ASP	ASP	1	B	B	201 - 208	201 - 208
23	6	LYS	LYS	ASP	ASP	1	C	C	201 - 208	201 - 208
24	6	LYS	LYS	ASP	ASP	1	D	D	201 - 208	201 - 208

#1: タンパク質	Deoxynucleoside kinase / Deoxyribonucleoside kinase / Dm-dNK / Multispecific deoxynucleoside kinase 分子量: 26907.691 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-230 / 変異: N64D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: dnk / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES, lithium sulphate, mPEG 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月14日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→44.72 Å / Num. obs: 65654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OE0

1oe0

解像度: 2.2→44.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.141 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23695	2763	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21202	-	-	-
obs	0.21329	51654	99.94 %	-
all	-	65654	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	-2.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6576	0	117	194	6887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.274	1.972	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.422	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.154	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.831	1.5	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.639	2	6424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.454	3	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.151	4.5	2858

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1561	tight positional	0	0.01
2	B	1561	tight positional	0	0.01
3	C	1561	tight positional	0	0.01
4	D	1561	tight positional	0	0.01
1	A	41	medium positional	0.79	0.5
2	B	41	medium positional	0.54	0.5
3	C	41	medium positional	0.63	0.5
4	D	41	medium positional	0.66	0.5
1	A	1561	tight thermal	0.13	0.5
2	B	1561	tight thermal	0.13	0.5
3	C	1561	tight thermal	0.14	0.5
4	D	1561	tight thermal	0.14	0.5
1	A	41	medium thermal	0.39	2
2	B	41	medium thermal	0.51	2
3	C	41	medium thermal	0.59	2
4	D	41	medium thermal	0.41	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	207
R_work	0.249	3768

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関連情報:EMDBヘッダ

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