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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zku | ||||||
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タイトル | Fitting of the gp9 structure in the EM density of bacteriophage T4 extended tail | ||||||
要素 | Baseplate structural protein Gp9 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Structural protein | ||||||
機能・相同性 | Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein / virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / Baseplate protein gp9 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å | ||||||
データ登録者 | Kostyuchenko, V.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005 タイトル: The tail structure of bacteriophage T4 and its mechanism of contraction. 著者: Victor A Kostyuchenko / Paul R Chipman / Petr G Leiman / Fumio Arisaka / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann / 要旨: Bacteriophage T4 and related viruses have a contractile tail that serves as an efficient mechanical device for infecting bacteria. A three-dimensional cryo-EM reconstruction of the mature T4 tail ...Bacteriophage T4 and related viruses have a contractile tail that serves as an efficient mechanical device for infecting bacteria. A three-dimensional cryo-EM reconstruction of the mature T4 tail assembly at 15-A resolution shows the hexagonal dome-shaped baseplate, the extended contractile sheath, the long tail fibers attached to the baseplate and the collar formed by six whiskers that interact with the long tail fibers. Comparison with the structure of the contracted tail shows that tail contraction is associated with a substantial rearrangement of the domains within the sheath protein and results in shortening of the sheath to about one-third of its original length. During contraction, the tail tube extends beneath the baseplate by about one-half of its total length and rotates by 345 degrees , allowing it to cross the host's periplasmic space. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zku.cif.gz | 925.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zku.ent.gz | 778.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zku | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31024.725 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 9 / 参照: UniProt: P10927 #2: 化合物 | ChemComp-EPE / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T4 / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: H2O |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: COPPER GRID |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2003年1月10日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 倍率(補正後): 47000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 75 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH IMAGE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: REAL SPACE SIRT / 解像度: 15 Å / 粒子像の数: 3029 / ピクセルサイズ(公称値): 3.97 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.97 Å / 倍率補正: 47000 / 詳細: EM MAP DEPOSITED AS EMD-1126 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--MANUAL FITTING FOLLOWED BY REFINEMENT IN COLORES | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1S2E Accession code: 1S2E / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 15 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 15 Å
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