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万見
- PDB-1zkr: Crystal structure of the major cat allergen Fel d 1 (1+2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zkr
タイトルCrystal structure of the major cat allergen Fel d 1 (1+2)
要素Major allergen I polypeptide, fused chain 1, chain 2
キーワードALLERGEN / CAT ALLERGEN / UTEROGLOBIN / SECRETOGLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Histone Acetyltransferase; Chain A - #50 / Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2-like / : / Allergen Fel d I-B chain / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily ...Histone Acetyltransferase; Chain A - #50 / Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2-like / : / Allergen Fel d I-B chain / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily / Histone Acetyltransferase; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Kaiser, L. / Cirkovic Velickovic, T. / Adedoyin, J. / Thunberg, S. / Gronlund, H. / Gafvelin, G. / van Hage, M. / Achour, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the major cat allergen Fel d 1 (1+2)
著者: Kaiser, L. / Cirkovic Velickovic, T. / Adedoyin, J. / Thunberg, S. / Gronlund, H. / Gafvelin, G. / van Hage, M. / Achour, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of a Fel d 1 (1+2) construct corresponding to the major allergen from cat
著者: Kaiser, L. / Gronlund, H. / van Hage-Haqmsten, M. / Achour, A.
履歴
登録2005年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月26日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen I polypeptide, fused chain 1, chain 2
B: Major allergen I polypeptide, fused chain 1, chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4182
ポリマ－34,4182
非ポリマー00
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.588, 42.996, 48.906
Angle α, β, γ (deg.)70.80, 80.56, 81.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Major allergen I polypeptide, fused chain 1, chain 2 / Allergen Fel d 1-B / Fel d I-B / Allergen Cat-1 / AG4 / FdI / Fel d 1 (1+2)


分子量: 17208.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: CH2 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P30438, UniProt: P30440
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG3350, 0.5 M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.087 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.087 Å / 相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→36.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.946 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21994 1680 5 %RANDOM
Rwork0.19072 ---
all0.19224 135810 --
obs0.19224 31695 92.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 241 2495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.9993103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15334993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8125289
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.330.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1681.51456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98422371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.273832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3614.5732
LS精密化 シェル解像度: 1.637→1.679 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.339 107
Rwork0.272 2142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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