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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zi7 | ||||||
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タイトル | Structure of truncated yeast oxysterol binding protein Osh4 | ||||||
![]() | KES1 protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / oxysterol / sterol binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / sterol transport / : / post-Golgi vesicle-mediated transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / phosphatidic acid binding ...Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / sterol transport / : / post-Golgi vesicle-mediated transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / phosphatidic acid binding / piecemeal microautophagy of the nucleus / oxysterol binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / endocytosis / Golgi membrane / lipid binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Im, Y.J. / Raychaudhuri, S. / Prinz, W.A. / Hurley, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism for sterol sensing and transport by OSBP-related proteins 著者: Im, Y.J. / Raychaudhuri, S. / Prinz, W.A. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 492 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46491.566 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 30 - 434 / 変異: 236RGYFS -> VD / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OSH4 / プラスミド: modified pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 78298 / Num. obs: 75232 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 8145 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ZHX 解像度: 2.5→45.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1816335.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.908 Å2 / ksol: 0.370563 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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