PDB-1zhc: Solution structure of HP1242 from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zhc

タイトル

Solution structure of HP1242 from Helicobacter pylori

要素

hypothetical protein HP1242

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / a-helical protein

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #50 / Protein of unknown function DUF465 / DUF465 superfamily / Protein of unknown function (DUF465) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / DUF465 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Kang, S.J. / Park, S.J. / Jung, S.J. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Solution structure of HP1242 from Helicobacter pylori
著者: Kang, S.J. / Park, S.J. / Jung, S.J. / Lee, B.J.

履歴

登録	2005年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zhc.cif.gz	490.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zhc.ent.gz	414.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zhc_validation.pdf.gz	347.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zhc_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	1zhc_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	1zhc_validation.cif.gz	48.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bik-d 2kqe-d 2jxa-d 1g47-d 1nyb-d 3alr-3 2luq-d 1a6b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein HP1242

9.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	hypothetical protein HP1242 / conserved hypothetical protein 分子量: 9130.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP1242 / プラスミド: pET-21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25839

#1: タンパク質

hypothetical protein HP1242 / conserved hypothetical protein

分子量: 9130.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP1242 / プラスミド: pET-21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25839

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA
1	4	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 1mM EDTA, pH 6.8; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mm NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2	Delaglio	解析
NMRView	5	Johnson	データ解析
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1040 restraints, 911 are NOE-derived distance constraints, 129 dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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