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万見
- PDB-1zgl: Crystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgl
タイトルCrystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • Myelin basic protein
  • T cell receptor alpha chain
  • T cell receptor beta chain
  • major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-peptide-MHC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / : / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane ...compact myelin / structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / : / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / membrane organization / positive regulation of memory T cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / maintenance of blood-brain barrier / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / substantia nigra development / MHC class II antigen presentation / myelination / trans-Golgi network membrane / central nervous system development / complement activation, classical pathway / cell periphery / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / sensory perception of sound / antigen binding / response to bacterium / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to toxic substance / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / myelin sheath / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / chemical synaptic transmission / adaptive immune response / protease binding / lysosome / blood microparticle / calmodulin binding / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / neuronal cell body / lipid binding / synapse / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Myelin basic protein / HLA class II histocompatibility antigen, DR beta 5 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR beta 5 chain / Myelin basic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, Y. / Huang, Y. / Lue, J. / Quandt, J.A. / Martin, R. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure of a human autoimmune TCR bound to a myelin basic protein self-peptide and a multiple sclerosis-associated MHC class II molecule.
著者: Li, Y. / Huang, Y. / Lue, J. / Quandt, J.A. / Martin, R. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42020年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn ...entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.details ..._entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
C: Myelin basic protein
M: T cell receptor alpha chain
P: T cell receptor beta chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
F: Myelin basic protein
Q: T cell receptor alpha chain
R: T cell receptor beta chain
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
I: Myelin basic protein
S: T cell receptor alpha chain
T: T cell receptor beta chain
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
L: Myelin basic protein
U: T cell receptor alpha chain
V: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,72620
ポリマ－383,72620
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
C: Myelin basic protein
M: T cell receptor alpha chain
P: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9325
ポリマ－95,9325
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
F: Myelin basic protein
Q: T cell receptor alpha chain
R: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9325
ポリマ－95,9325
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
I: Myelin basic protein
S: T cell receptor alpha chain
T: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9325
ポリマ－95,9325
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: major histocompatibility complex, class II, DR beta 5
L: Myelin basic protein
U: T cell receptor alpha chain
V: T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9325
ポリマ－95,9325
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.480, 97.690, 124.020
Angle α, β, γ (deg.)74.39, 83.19, 61.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21084.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質
major histocompatibility complex, class II, DR beta 5


分子量: 22446.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29787, UniProt: Q30154*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド
Myelin basic protein / MBP


分子量: 1672.946 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q6AI64, UniProt: P02686*PLUS
#4: タンパク質
T cell receptor alpha chain


分子量: 22932.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848
#5: タンパク質
T cell receptor beta chain


分子量: 27794.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 177348 / Num. obs: 81551 / % possible obs: 0.863 % / Observed criterion σ(F): 5.9 / Observed criterion σ(I): 5.9 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 1617 -Random
Rwork0.28 ---
all-94436 --
obs-81551 86.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23456 0 0 0 23456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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