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- PDB-1zg7: Crystal Structure of 2-(5-{[amino(imino)methyl]amino}-2-chlorophe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zg7
タイトルCrystal Structure of 2-(5-{[amino(imino)methyl]amino}-2-chlorophenyl)-3-sulfanylpropanoic acid Bound to Activated Porcine Pancreatic Carboxypeptidase B
要素procarboxypeptidase B
キーワードHYDROLASE / CARBOXYPEPTIDASE B / EXOPEPTIDASE / thiol based inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase ...Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P20 / Carboxypeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Adler, M. / Bryant, J. / Buckman, B. / Islam, I. / Larsen, B. / Finster, S. / Kent, L. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Whitlow, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of potent thiol-based inhibitors bound to carboxypeptidase b.
著者: Adler, M. / Bryant, J. / Buckman, B. / Islam, I. / Larsen, B. / Finster, S. / Kent, L. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Whitlow, M.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (KI APPARENT) OF 2-(5-{[AMINO (IMINO)METHYL] AMINO}-2- ...HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (KI APPARENT) OF 2-(5-{[AMINO (IMINO)METHYL] AMINO}-2-CHLOROPHENYL)-3-SULFANYLPROPANOIC ACID WAS MEASURED AS 7 NM AGAINST PORCINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE B. THE ASSAY FOR INHIBITION OF PORCINE PANCREATIC CPB (SIGMA, ST. LOUIS, MO) WAS PERFORMED IN A 96 OR 384-WELL FORMAT ADAPTED FROM PUBLISHED PROTOCOLS. PURIFIED PP-CPB (2 NM) WAS INCUBATED WITH TEST COMPOUNDS IN 20 MM HEPES PH 7.4, 150 MM NACL, 5 MM CACL2 FOR 2 MINUTES PRIOR TO THE ADDITION OF THE 0.6 MM HIPPURYL-L -ARGININE SUBSTRATE. AFTER 30 MINUTES AT ROOM TEMPERATURE, THE AMOUNT OF SUBSTRATE HYDROLYZED WAS DETERMINED BY CONVERSION OF THE PRODUCT, HIPPURIC ACID, TO A CHROMOGEN WITH SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 8.3 (F.C. 0.8 MM) AND CYANURIC CHLORIDE/DIOXANE (F.C. 0.9% W/V) UNDER CHEMICAL FUME HOOD. FOLLOWING CENTRIFUGATION OF THE MICROTITER PLATES AND TRANSFER OF THE SUPERNATANT TO A CLEAN PLATE, ABSORBANCE OF THE SUPERNATANT IS READ AT 382 NM. THE IC50 OF THE COMPOUND WAS DETERMINED USING THE 4-PARAMETER EQUATION FROM AN 8-POINT DOSE RESPONSE CURVE, EACH COMPOUND TESTED IN DUPLICATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: procarboxypeptidase B
B: procarboxypeptidase B
C: procarboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2379
ポリマ－104,2203
非ポリマー1,0176
水11,620645
1
A: procarboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0793
ポリマ－34,7401
非ポリマー3392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: procarboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0793
ポリマ－34,7401
非ポリマー3392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: procarboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0793
ポリマ－34,7401
非ポリマー3392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.504, 100.369, 136.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer that can be generated from either chain A, chain B, or chain C.

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要素

#1: タンパク質 procarboxypeptidase B


分子量: 34739.859 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic Domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P09955, carboxypeptidase B
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-P20 / 2-(5-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-2-CHLOROPHENYL)-3-SULFANYLPROPANOIC ACID


分子量: 273.739 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12ClN3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium chloride, Tris, sodium cacodylate, PEG 8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月7日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.081
21.081
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 93605 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 11051 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAS CATALYTIC DOMAIN

1nas


解像度: 1.75→8 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3473 -RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.213 92660 --
obs0.211 90906 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8686 Å20 Å20 Å2
2---4.6192 Å20 Å2
3---9.4878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 54 645 8019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.830.33773983.70.36551065311051100
1.83-1.920.3464130.323611107100
1.92-2.040.31164330.28711194100
2.04-2.20.29164210.257111276100
2.2-2.410.26784540.23711368100
2.41-2.750.24954490.215911440100
2.75-3.420.274540.191158699.9
3.42-80.23244510.15861188499.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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