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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zft | ||||||
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タイトル | The crystal structure of an all-RNA minimal Hairpin Ribozyme with mutant G8I at the cleavage site | ||||||
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![]() | RNA / hairpin ribozyme / all-RNA / cobalt hexaamine / mutation / inosine / U39C / junctionless / low salt / S-turn / E-loop / ribose zipper / catalytic RNA / 2'-OMe | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wedekind, J.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Water in the Active Site of an All-RNA Hairpin Ribozyme and Effects of Gua8 Base Variants on the Geometry of Phosphoryl Transfer. 著者: Salter, J. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E. #1: ![]() タイトル: Crystallization and x-ray diffraction analysis of an all-RNA U39C mutant of the minimal hairpin ribozyme 著者: Grum-Tokars, V. / Milovanovic, M. / Wedekind, J.E. #2: ![]() タイトル: Functional involvement of G8 in the hairpin ribozyme cleavage mechanism 著者: Pinard, R. / Hampel, K.J. / Heckman, J.E. / Lambert, D. / Chan, P.A. / Major, F. / Burke, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit comprised of chains A,B,C and D forms the biological unit |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 4066.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3955.433 Da / 分子数: 1 / Mutation: G8I / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / Mutation: U39C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
-非ポリマー , 3種, 36分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 2000 MME, LITHIUM SULFATE, SPERMIDINE, COBALT HEXAAMINE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月29日 詳細: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR (PROVIDES HORIZONTAL FOCUSSING), RH-COATED SI MIRROR FOR VERTICAL FOCUSING |
放射 | モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→47 Å / Num. obs: 15007 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZFR ![]() 1zfr 解像度: 2.33→30.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1649069.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -5 / 立体化学のターゲット値: CNS / 詳細: MLI TARGET THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2926 Å2 / ksol: 0.303334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→30.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 4
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Xplor file |
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