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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zfe | ||||||||||||||||||
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タイトル | GCA Duplex B-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Crystallographic Screen / DNA Structure (核酸構造) / Holliday Junction (ホリデイジャンクション) / Molecular Structure (分子構造) | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | データ登録者 | Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 | タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation. 著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zfe.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zfe.ent.gz | 13.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zfe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zewC 1zexC 1zeyC 1zezC 1zf0C 1zf1C 1zf2C 1zf3C 1zf4C 1zf5C 1zf6C 1zf7C 1zf8C 1zf9C 1zfaC 1zfbC 1zfcC 1zffC 1zfgC 1zfhC 1zfmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN. #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→15.2 Å / Num. obs: 1097 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.133 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB ENTRY BD0028 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.773 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.714 / SU B: 16.728 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: STRUCTURE IS NOT REFINED TO ITS LOWEST R AND RFREE VALUES. REFER TO CITATION FOR MORE INFORMATION. STRUCTURE WILL BE UPDATED AS BETTER DATA IS COLLECTED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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