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- PDB-1zf3: ATC Four-stranded DNA Holliday Junction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zf3
タイトルATC Four-stranded DNA Holliday Junction
要素5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Crystallographic Screen / DNA Structure / Holliday Junction / Molecular Structure
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation.
著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.
履歴
登録2005年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1303
ポリマ－6,0902
非ポリマー401
水2,702150
1
A: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2606
ポリマ－12,1804
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)64.95, 24.62, 37.46
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-160-

HOH

21B-45-

HOH

31B-135-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN.
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na Cacodylate11
2CaCl211
3Spermine11
4MPD11
5H2O11
6Na Cacodylate12
7CaCl212
8MPD12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→99 Å / Num. obs: 4856 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.84→1.92 Å / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. measured obs: 465 / Rsym value: 0.626 / Χ2: 1.024 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ndb entry UD0058

解像度: 1.84→30.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 6.34 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 472 10.4 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.205 ---
obs0.248 4063 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 1 150 555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6633694
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2710.2132
X-RAY DIFFRACTIONPOTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A)0.2230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2513648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5894.5694
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 19 -
Rwork0.294 176 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5920.24520.10330.10150.04280.018-0.02390.0022-0.01220.0378-0.05740.00410.0730.05790.08130.00560.0179-0.0051-0.00670.0136-0.004425.76030.441232.701
21.9964-0.4140.22870.2581-0.39830.7411-0.0319-0.00170.070.02710.0181-0.10040.0804-0.0790.01380.0213-0.0036-0.0041-0.017-0.0247-0.005121.13020.509126.1638
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Label seq-ID: 1 - 10

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11AA1 - 10
22BB11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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