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- PDB-1zel: Crystal structure of RV2827C protein from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zel
タイトルCrystal structure of RV2827C protein from Mycobacterium tuberculosis
要素hypothetical protein Rv2827c
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / RV2827C / hypothetical protein / winged-helix / helix-turn-helix / auto-rickshaw / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


replication protein C, winged helix domain / AbiEi antitoxin C-terminal domain / AbiEi antitoxin C-terminal domain / Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / AbiEi_1 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Janowski, R. / Panjikar, S. / Mueller-dieckmann, J. / Weiss, M.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2009
タイトル: Structural analysis reveals DNA binding properties of Rv2827c, a hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Janowski, R. / Panjikar, S. / Eddine, A.N. / Kaufmann, S.H. / Weiss, M.S.
履歴
登録2005年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Rv2827c
B: hypothetical protein Rv2827c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,20222
ポリマ－65,2292
非ポリマー97320
水6,125340
1
A: hypothetical protein Rv2827c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,17012
ポリマ－32,6141
非ポリマー55511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein Rv2827c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,03210
ポリマ－32,6141
非ポリマー4179
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.419, 180.653, 35.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 hypothetical protein Rv2827c


分子量: 32614.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2827c / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q7D6H9

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 2 M SODIUM FORMATE, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1310.81
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A20.9195,0.9203,0.9095
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2004年12月4日mirrors
MARRESEARCH2CCD2005年2月19日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.811
20.91951
30.92031
40.90951
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 43052 / Num. obs: 43052 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4214 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.13 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22455 1341 3.1 %RANDOM
Rwork0.18136 ---
all0.18269 41592 --
obs0.18269 41592 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 63 340 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9816525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5115614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.9721.25192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13515718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1171560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.130.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8211.53030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5182.54840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32451852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.168101670
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2.034 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 221 -
Rwork0.226 5874 -
obs-4214 99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57250.6144-0.02781.10060.11971.46620.0558-0.05220.00530.0953-0.01360.06680.044-0.1392-0.0422-0.0438-0.01820.01420.0039-0.0049-0.03244.1731-32.116830.9006
26.63530.21410.25883.9653-0.52442.8019-0.0561-0.1727-0.00890.03950.17380.13330.0953-0.1706-0.1178-0.0755-0.0152-0.0101-0.02510.0275-0.0455.6007-19.311419.2344
30.38120.27630.04781.5017-0.37020.8085-0.04920.02370.0247-0.03610.083-0.0023-0.0596-0.0325-0.0338-0.0531-0.00910.0027-0.016-0.0027-0.014115.7963-5.09868.1177
40.8894-1.2111-0.04765.6042-2.31453.8827-0.04230.0530.02470.39530.0301-0.3079-0.33880.05130.0122-0.0228-0.0638-0.0385-0.1282-0.0151-0.06522.855212.513111.4534
53.2778-0.26340.64261.97280.64562.90170.1496-0.2903-0.27860.1562-0.02370.31520.2015-0.3835-0.1258-0.1136-0.04330.0032-0.00720.0493-0.006648.927217.718712.9161
69.8031-3.572-0.27241.79-1.30394.03810.1524-0.2156-0.3760.0140.010.16290.1379-0.1635-0.1624-0.07-0.0021-0.004-0.04990.0493-0.041750.280630.58091.3279
70.81860.1299-0.21841.1991-0.31970.6394-0.00920.0434-0.0082-0.02380.04960.0075-0.0794-0.0613-0.0404-0.0192-0.0006-0.02490.00370.0025-0.06460.408844.5569-9.8549
81.6636-0.24830.5254.1452-1.46852.4197-0.0005-0.03550.07820.1552-0.0098-0.2468-0.2677-0.05570.01030.0108-0.0031-0.0038-0.0947-0.0134-0.071667.481862.3683-7.0391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 802 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 9486 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3AA98 - 253101 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4AA255 - 265258 - 268
5X-RAY DIFFRACTION4AA271 - 293274 - 296
6X-RAY DIFFRACTION5BB-2 - 801 - 83
7X-RAY DIFFRACTION6BB83 - 9486 - 97
8X-RAY DIFFRACTION7BB98 - 253101 - 256
9X-RAY DIFFRACTION8BB255 - 264258 - 267
10X-RAY DIFFRACTION8BB270 - 293273 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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