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- PDB-1zca: Crystal structure of G alpha 12 in complex with GDP, Mg2+ and AlF4- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zca
タイトルCrystal structure of G alpha 12 in complex with GDP, Mg2+ and AlF4-
要素G alpha i/12
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transducer
機能・相同性
機能・相同性情報


D5 dopamine receptor binding / Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of fibroblast migration / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of TOR signaling / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation ...D5 dopamine receptor binding / Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of fibroblast migration / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of TOR signaling / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / protein phosphatase activator activity / Rho protein signal transduction / lateral plasma membrane / protein phosphatase 2A binding / brush border membrane / regulation of blood pressure / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / heterotrimeric G-protein complex / regulation of cell shape / G protein activity / in utero embryonic development / cell differentiation / neuron projection / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group 12/13 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...G-protein alpha subunit, group 12/13 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-12
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nance, M.R. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: A new approach to producing functional G alpha subunits yields the activated and deactivated structures of G alpha(12/13) proteins.
著者: Kreutz, B. / Yau, D.M. / Nance, M.R. / Tanabe, S. / Tesmer, J.J. / Kozasa, T.
履歴
登録2005年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G alpha i/12
B: G alpha i/12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0468
ポリマ－83,9052
非ポリマー1,1416
水1086
1
A: G alpha i/12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5234
ポリマ－41,9531
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: G alpha i/12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5234
ポリマ－41,9531
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.501, 85.230, 82.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 G alpha i/12


分子量: 41952.535 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal residues 1-28 of G alpha i followed by residues 49-379 of G alpha 12
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastBacHTa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P27600
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000 (14%), Sodium Citrate (100 mM), NaCl (50 mM), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.1 Å / Num. all: 15297 / Num. obs: 15297 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 589 / Rsym value: 0.296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZCB

1zcb


解像度: 2.9→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 21.827 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS refinement was utilizied.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29608 776 5.1 %RANDOM
Rwork0.23595 ---
all0.23895 ---
obs0.23895 14452 88.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.08 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5239 0 68 6 5313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0191.9677288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.699311577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5475633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4323.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.166151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2581548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.25084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1450.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0940.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1540.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.68724176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.05221288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81845116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74642666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.13562172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1879tight positional0.010.05
3263medium positional0.210.5
1879tight thermal0.8210
3263medium thermal0.9210
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 45 -
Rwork0.351 806 -
obs-14452 68.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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