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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zc1
タイトルUfd1 exhibits the AAA-ATPase fold with two distinct ubiquitin interaction sites
要素Ubiquitin fusion degradation protein 1
キーワードPROTEIN TURNOVER / Ufd1 / double-psi-beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Doa10p ubiquitin ligase complex / protein localization to vacuole / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / DNA replication termination / RQC complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / Translesion Synthesis by POLH / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / replisome ...Doa10p ubiquitin ligase complex / protein localization to vacuole / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / DNA replication termination / RQC complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / Translesion Synthesis by POLH / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / replisome / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / retrograde protein transport, ER to cytosol / nonfunctional rRNA decay / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ERAD pathway / rescue of stalled ribosome / ubiquitin binding / positive regulation of protein localization to nucleus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal domain / Ubiquitin fusion degradation protein Ufd1-like / Ufd1-like, Nn domain / : / : / Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal subdomain 1 / Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal subdomain 2 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases ...Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal domain / Ubiquitin fusion degradation protein Ufd1-like / Ufd1-like, Nn domain / : / : / Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal subdomain 1 / Ubiquitin fusion degradation protein UFD1, N-terminal subdomain 2 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin fusion degradation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Park, S. / Isaacson, R. / Kim, H.T. / Silver, P.A. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Structure / : 2005
タイトル: Ufd1 Exhibits the AAA-ATPase Fold with Two Distinct Ubiquitin Interaction Sites
著者: Park, S. / Isaacson, R. / Kim, H.T. / Silver, P.A. / Wagner, G.
履歴
登録2005年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700 SHEET The automatically generated beta sheet naming in this pdb file is slightly different from ... SHEET The automatically generated beta sheet naming in this pdb file is slightly different from those in the citation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin fusion degradation protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2501
ポリマ-23,2501
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin fusion degradation protein 1 / UB fusion protein 1 / Polymerase-interacting protein 3


分子量: 23249.686 Da / 分子数: 1 / 断片: N domain, residues 1-208 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UFD1, PIP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53044

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 0.2mM Ufd1 / 溶媒系: 50mM Phosphate, 20mM NaCl,pH6.0
試料濃度: 0.2 mM / 構成要素: UFD1
試料状態イオン強度: 20 mM Phosphate 50mM NaCl / pH: 6 / : 1 atm / 温度: 307 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, A.構造決定
CNS1Brunger, A.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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