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- PDB-1zba: Foot-and-Mouth Disease virus serotype A1061 complexed with oligos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zba
タイトルFoot-and-Mouth Disease virus serotype A1061 complexed with oligosaccharide receptor.
要素(Coat protein ...) x 4
キーワードVIRUS / oligosaccharide receptor / VIRUS/VIRAL PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fry, E.E. / Newman, J.W. / Curry, S. / Najjam, S. / Jackson, T. / Blakemore, W. / Lea, S.M. / Miller, L. / Burman, A. / King, A.M. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2005
タイトル: Structure of Foot-and-mouth disease virus serotype A1061 alone and complexed with oligosaccharide receptor: receptor conservation in the face of antigenic variation.
著者: Fry, E.E. / Newman, J.W. / Curry, S. / Najjam, S. / Jackson, T. / Blakemore, W. / Lea, S.M. / Miller, L. / Burman, A. / King, A.M. / Stuart, D.I.
履歴
登録2005年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月14日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Coat protein VP1
2: Coat protein VP2
3: Coat protein VP3
4: Coat protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9175
ポリマ－81,0004
非ポリマー9171
水8,107450
1
1: Coat protein VP1
2: Coat protein VP2
3: Coat protein VP3
4: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,915,030300
ポリマ－4,860,023240
非ポリマー55,00660
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Coat protein VP1
2: Coat protein VP2
3: Coat protein VP3
4: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 410 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,58625
ポリマ－405,00220
非ポリマー4,5845
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Coat protein VP1
2: Coat protein VP2
3: Coat protein VP3
4: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 492 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,50330
ポリマ－486,00224
非ポリマー5,5016
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: Coat protein VP1
2: Coat protein VP2
3: Coat protein VP3
4: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.64 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,638,343100
ポリマ－1,620,00880
非ポリマー18,33520
水1,44180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)307.000, 307.000, 715.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.49658956, -0.64359727, 0.5823928), (0.86792531, 0.37608847, -0.32444278), (-0.01022073, 0.66658835, 0.74535596)
3generate(-0.31794565, -0.17343694, 0.93211061), (0.76073539, -0.6334216, 0.1416289), (0.56585531, 0.75411982, 0.33333326)
4generate(-0.31794565, 0.76073539, 0.56585531), (-0.17343694, -0.6334216, 0.75411982), (0.93211061, 0.1416289, 0.33333326)
5generate(0.49658956, 0.86792531, -0.01022073), (-0.64359727, 0.37608847, 0.66658835), (0.5823928, -0.32444278, 0.74535596)
6generate(-0.52631596, 0.85028907, -5.0E-8), (0.85028907, 0.52631596, -1.0E-7), (-5.0E-8, -1.0E-7, -1)
7generate(0.4766244, 0.65851939, -0.58239282), (0.87904762, -0.34930243, 0.32444275), (0.01022062, -0.66658835, -0.74535596)
8generate(0.81418483, -0.44730888, -0.3701592), (0.13004141, -0.48085151, 0.86710499), (-0.56585537, -0.75411975, -0.33333332)
9generate(0.01986828, -0.93897865, 0.34340114), (-0.36162843, 0.31346508, 0.87804586), (-0.93211058, -0.14162888, -0.33333336)
10generate(-0.80860677, -0.13701901, 0.57217208), (0.08350911, 0.9359288, 0.34214544), (-0.58239276, 0.3244427, -0.74535603)
11generate(0.80324525, -0.09065444, 0.58870947), (0.48669578, -0.46991189, -0.73641702), (0.34340105, 0.87804589, -0.33333336)
12generate(0.31418488, -0.15863366, 0.93601454), (-0.15863366, -0.98085152, -0.11298518), (0.93601454, -0.11298518, -0.33333336)
13generate(0.00877201, 0.36206757, 0.93211058), (-0.92892689, -0.34210536, 0.14162892), (0.37015926, -0.86710495, 0.33333335)
14generate(0.30907685, 0.75185784, 0.58239273), (-0.75966485, 0.56360111, -0.32444276), (-0.57217202, -0.34214554, 0.74535603)
15generate(0.80008831, 0.47206026, 0.37015917), (0.11523808, 0.48461233, -0.86710499), (-0.5887095, 0.736417, 0.33333334)
16generate(-0.00892871, -0.35184811, -0.93601452), (0.93914638, -0.32440469, 0.11298523), (-0.34340114, -0.87804584, 0.3333334)
17generate(-0.30024504, -0.7505159, -0.58870944), (0.18365645, -0.65112227, 0.73641707), (-0.93601454, 0.11298528, 0.33333332)
18generate(-0.79447326, -0.48145034, -0.37015917), (-0.48145034, 0.12780667, 0.86710497), (-0.37015917, 0.86710497, -0.33333341)
19generate(-0.80860677, 0.08350911, -0.58239276), (-0.13701901, 0.9359288, 0.3244427), (0.57217208, 0.34214544, -0.74535603)
20generate(-0.32311353, 0.16360769, -0.9321106), (0.74095805, 0.65644681, -0.14162893), (0.58870945, -0.73641707, -0.33333328)

-
要素

-
Coat protein ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 Coat protein VP1


分子量: 23293.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 参照: UniProt: Q84769, UniProt: P03306*PLUS
#2: タンパク質 Coat protein VP2


分子量: 24678.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 参照: UniProt: Q84769, UniProt: P03306*PLUS
#3: タンパク質 Coat protein VP3


分子量: 24233.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 参照: UniProt: Q84769, UniProt: P03306*PLUS
#4: タンパク質 Coat protein VP4


分子量: 8794.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 参照: UniProt: Q84769, UniProt: P03306*PLUS

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 451分子

#5: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 916.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 452651 / Rmerge(I) obs: 0.135

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
all0.183 --
obs0.183 452651 -
Rfree--Not valid for virus refinement
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5227 0 55 450 5732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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