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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zak | ||||||
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タイトル | ADENYLATE KINASE FROM MAIZE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR P1,P5-BIS(ADENOSINE-5'-)PENTAPHOSPHATE (AP5A) | ||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ATP:AMP-PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / nucleoside triphosphate biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside diphosphate kinase activity / 葉緑体 / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wild, K. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997 タイトル: Structure, catalysis and supramolecular assembly of adenylate kinase from maize. 著者: Wild, K. / Grafmuller, R. / Wagner, E. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994 タイトル: Primary Structure of Maize Chloroplast Adenylate Kinase 著者: Schiltz, E. / Burger, S. / Grafmuller, R. / Deppert, W.R. / Haehnel, W. / Wagner, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zak.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zak.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/1zak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/1zak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1akeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.7065, 0.7077, 0.0046), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24897.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / 参照: UniProt: P43188, adenylate kinase #2: 化合物 | 非ポリマーの詳細 | THE WATER MOLECULE MODELED INTO THE AMP-BINDING SITE TOGETHER WITH CMP HAS THE COORDINATES X Y Z 17. ...THE WATER MOLECULE MODELED INTO THE AMP-BINDING SITE TOGETHER WITH CMP HAS THE COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.16→100 Å / Num. obs: 6998 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.074 |
反射 シェル | 解像度: 3.16→3.33 Å / Rsym value: 0.172 / % possible all: 53.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.074 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AKE 解像度: 3.5→25 Å / 詳細: ONLY THE OVERALL B-FACTOR WAS REFINED. /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.66 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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