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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zab | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with 3-Deazauridine | ||||||
![]() | Cytidine deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / mouse / cytidine deaminase / zinc / 3-deazauridine / substrate dissociation | ||||||
機能・相同性 | ![]() Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / cytidine deaminase / dCMP catabolic process / cytidine deamination / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity ...Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / cytidine deaminase / dCMP catabolic process / cytidine deamination / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage / nucleoside binding / response to cycloheximide / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell growth / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teh, A.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.48 A Resolution Crystal Structure of the Homotetrameric Cytidine Deaminase from Mouse 著者: Teh, A.H. / Kimura, M. / Yamamoto, M. / Tanaka, N. / Yamaguchi, I. / Kumasaka, T. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX Determination method: Author determined | ||||||
Remark 700 | SHEET Determination method: Author determined |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 492.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is similar to the tetramer contained in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16148.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-URD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Ammonium sulphate, citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月23日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→48.56 Å / Num. all: 28544 / Num. obs: 28544 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.21 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 5.28 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2834 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FR5 解像度: 2.36→48.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 91083.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Disordered atoms were refined with zero occupancy.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5162 Å2 / ksol: 0.37304 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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