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- PDB-1za7: The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1za7
タイトルThe crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution.
要素Coat protein
キーワードVIRUS / mutant virus capsid structure / icosahedral particle / stablizing mutation / stable mutant / beta hexamer / beta barrel / bromovirus / point mutation / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Satellite virus coat domain / Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bothner, B. / Speir, J.A. / Qu, C. / Willits, D.A. / Young, M.J. / Johnson, J.E.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Enhanced local symmetry interactions globally stabilize a mutant virus capsid that maintains infectivity and capsid dynamics.
著者: Speir, J.A. / Bothner, B. / Qu, C. / Willits, D.A. / Young, M.J. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1973
タイトル: A salt stable mutant of cowpea chlorotic mottle virus.
著者: Bancroft, J.B. / Rees, M.W. / Johnson, M.W. / Dawson, J.R.O.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 1996
タイトル: Analysis of a salt stable mutant of cowpea chlorotic mottle virus.
著者: Fox, J.M. / Zhao, X. / Speir, J.A. / Young, M.J.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structures of the native and swollen forms of cowpea chlorotic mottle virus determined by x-ray crystallography and cryo-electron microscopy.
著者: Speir, J.A. / Munshi, S. / Wang, G. / Baker, T.S. / Johnson, J.E.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8033
ポリマ－52,8033
非ポリマー00
水2,270126
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,168,184180
ポリマ－3,168,184180
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 264 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,01515
ポリマ－264,01515
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 317 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,81818
ポリマ－316,81818
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.17 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,168,184180
ポリマ－3,168,184180
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)365.480, 374.860, 402.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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46generate(-0.49718117, -0.37321816, 0.78327459), (0.48599752, 0.62805538, 0.60774407), (-0.71876094, 0.68282842, -0.13087421)92.58212, -72.02258, 117.81559
47generate(-0.6865824, 0.64189729, 0.34142711), (0.64189729, 0.31464262, 0.69926239), (0.34142711, 0.69926239, -0.62806022)62.27777, -67.09638, 68.97528
48generate(0.22717034, 0.94447032, -0.23742252), (0.40815672, 0.12901352, 0.90374974), (0.88419552, -0.30221074, -0.35618386)9.1265, -49.35085, 82.68783
49generate(0.98130182, 0.11635528, -0.15332379), (0.10779733, 0.32770119, 0.93861156), (0.1594568, -0.93758913, 0.30903098)6.58155, -43.30971, 140.00296
50generate(0.53362797, -0.69802099, 0.47750172), (0.15590559, 0.63612601, 0.75566999), (-0.83122478, -0.32880145, 0.44828001)58.15995, -57.32161, 161.71311
51generate(0.52454619, 0.34205985, -0.77964502), (-0.6143523, -0.48190829, -0.62476848), (-0.58942561, 0.80669664, -0.0426379)91.06442, 253.8323, 85.81208
52generate(0.66923707, -0.67158307, -0.31795899), (-0.56053956, -0.1754024, -0.80933886), (0.48776751, 0.71986816, -0.49383467)123.34544, 239.63457, 40.15733
53generate(-0.26525537, -0.93165883, 0.24829704), (-0.2295201, -0.18910542, -0.95475634), (0.93646149, -0.3102434, -0.1636732)175.81058, 225.10735, 59.24568
54generate(-0.98749433, -0.07875156, 0.13657649), (-0.07875156, -0.50408025, -0.86005889), (0.13657649, -0.86005889, 0.49157458)175.9548, 230.32677, 116.69769
55generate(-0.49937012, 0.70844987, -0.49872664), (-0.31659094, -0.68504237, -0.65611518), (-0.80647359, -0.16975198, 0.5663785)123.57879, 248.07976, 133.11662
56generate(-0.49318916, -0.48913903, -0.71937991), (0.64165619, 0.35384024, -0.68049571), (0.58740258, -0.79720768, 0.13934892)253.9404, 68.20169, 105.02579
57generate(-0.49937012, -0.31659094, -0.80647359), (0.70844987, -0.68504237, -0.16975198), (-0.49872664, -0.65611518, 0.5663785)247.6064, 104.99258, 149.00654
58generate(-0.33113427, -0.2897815, -0.89798484), (-0.2897815, -0.87445415, 0.38904578), (-0.89798484, 0.38904578, 0.20558842)238.92835, 157.64705, 127.09322
59generate(-0.22097783, -0.44576044, -0.86744823), (-0.97351609, 0.04736554, 0.22365807), (-0.05861077, 0.89389828, -0.44442169)239.89902, 153.39842, 69.56929
60generate(-0.32113326, -0.56897017, -0.75706431), (-0.39785594, 0.80649322, -0.43735493), (0.85940915, 0.16075332, -0.48535996)249.17698, 98.11814, 55.93087

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein / Capsid protein / CP


分子量: 17601.021 Da / 分子数: 3 / 変異: K42R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
属: Bromovirus / 遺伝子: RNA4 / Plasmid details: Mixture of RNAs 1, 2, and 3 (1:1:2) / 発現宿主: Vigna unguiculata (マメ科) / 株 (発現宿主): California blackeye / 参照: UniProt: P03601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 298 K / pH: 3.3
詳細: 0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 1258085 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 55.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
GLRF位相決定
RAVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWP

1cwp


解像度: 2.7→20 Å / Data cutoff high absF: 166463.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: STANDARD PROCEDURES WITH THE EXCEPTION OF EXCLUDING USE OF R-FREE, WHICH IS NOT MEANINGFUL WITH HIGH LEVELS OF NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY (60-FOLD IN THIS CASE).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.245 ---
obs0.245 1201758 80.9 %-
Rfree-0 -NOT USED DUE TO HIGH LEVEL (60-FOLD) OF NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
all-1201758 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.4349 Å2 / ksol: 0.331228 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.129 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.479 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 0 0 126 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.732.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.361 119246 -
obs--51 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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