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- PDB-1za6: The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1za6
タイトルThe structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody
要素
  • IGG Heavy chain
  • IGG Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / CH2-domain-deletion
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J.S. / Glaser, S. / Braslawsky, G. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Structure of an Antitumor C(H)2-domain-deleted Humanized Antibody.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / Glaser, S. / Braslawsky, G. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Combined use of AFM and X-ray diffraction to analyze crystals of an engineered, domain-deleted antibody
著者: Larson, S.B. / Kuznetsov, Y.G. / Day, J. / Zhou, J. / Glaser, S. / Braslawsky, G. / McPherson, A.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE There was no suitable sequence database match at time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG Light chain
B: IGG Heavy chain
C: IGG Light chain
D: IGG Heavy chain
E: IGG Light chain
F: IGG Heavy chain
G: IGG Light chain
H: IGG Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,6368
ポリマ－244,6368
非ポリマー00
水00
1
A: IGG Light chain
B: IGG Heavy chain
C: IGG Light chain
D: IGG Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3184
ポリマ－122,3184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area48510 Å2
手法PISA
2
E: IGG Light chain
F: IGG Heavy chain
G: IGG Light chain
H: IGG Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3184
ポリマ－122,3184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area48180 Å2
手法PISA
3
A: IGG Light chain
B: IGG Heavy chain
C: IGG Light chain
D: IGG Heavy chain
E: IGG Light chain
F: IGG Heavy chain
G: IGG Light chain
H: IGG Heavy chain

A: IGG Light chain
B: IGG Heavy chain
C: IGG Light chain
D: IGG Heavy chain
E: IGG Light chain
F: IGG Heavy chain
G: IGG Light chain
H: IGG Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,27216
ポリマ－489,27216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area62170 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area172860 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23910 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area93610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.540, 224.200, 166.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
詳細Chains A, B, C, D are the presumed biological unit / Chains E, F, G, H are the presumed biological unit

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要素

#1: 抗体
IGG Light chain


分子量: 24206.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6GMV9
#2: 抗体
IGG Heavy chain


分子量: 36952.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6GMX6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9194
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月4日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.13 Å / Num. obs: 76662 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.06 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.62 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKV. 9.0データ削減
d*TREKV. 9.0データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BBJ; PDB ENTRY 1FC1

1bbj

1fc1


解像度: 2.8→45.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 38542.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USED NCS RESTRAINTS FOR EQUIVALENT CHAINS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 5924 7.7 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 76662 99.5 %-
all-76929 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.13 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.32 Å20 Å20 Å2
2---3.31 Å20 Å2
3----13.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16740 0 0 0 16740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.88
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.392.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION0.0876210
22X-RAY DIFFRACTION0.14812150
33X-RAY DIFFRACTION0.0856210
44X-RAY DIFFRACTION0.0936210
55X-RAY DIFFRACTION0.10912150
66X-RAY DIFFRACTION0.1112150
77X-RAY DIFFRACTION0.1096210
88X-RAY DIFFRACTION0.1366210
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 452 6.1 %
Rwork0.383 6992 -
obs--98 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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