PDB-1z99: Solution structure of Crotamine, a myotoxin from Crotalus durissu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z99

タイトル

Solution structure of Crotamine, a myotoxin from Crotalus durissus terrificus

要素

Crotamine

キーワード

TOXIN / beta-defensin-fold / myotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

: / defense response to fungus / potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Crotalus durissus terrificus (ヘビ)

手法

溶液NMR / OPALp

データ登録者

Fadel, V. / Bettendorff, P. / Herrmann, T. / de Azevedo, W.F. / Oliveira, E.B. / Yamane, T. / Wuthrich, K.

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2005
タイトル: Automated NMR structure determination and disulfide bond identification of the myotoxin crotamine from Crotalus durissus terrificus.
著者: Fadel, V. / Bettendorff, P. / Herrmann, T. / de Azevedo, W.F. / Oliveira, E.B. / Yamane, T. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2005年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z99.cif.gz	262.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z99.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z99_validation.pdf.gz	357.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z99_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	1z99_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	1z99_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mub-d 2l1q-d 2k2z-d 1iy5-d 1ut3-d 5wuz-d 1vcx-d 1eit-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Crotamine

4.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Crotamine / Crt / Myotoxin 分子量: 4902.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 生物種: Crotalus durissus / 株: terrificus / 参照: UniProt: P01475, UniProt: Q9PWF3*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.8 mM Crotamine, 1uM NaN3, H2O 95%, D2O 5%	H2O 95%, D2O 5%
2	0.9 mM Crotamine, 1uM NaN3, D2O 100 %	D2O 100 %

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	5.8	ambient	293.4 K
2	5.8	ambient	313.4 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	6.02	Güntert P., Herrmann, T.	構造決定
RADAR	0.9b	Herrmann, T.	構造決定
CARA	1	Keller, R.	データ解析
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
RADAR	0.9b	Herrmann, T.	精密化

精密化

手法: OPALp / ソフトェア番号: 1
詳細: restrained energy-minimized in a water shell using AMBER force field

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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