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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z8v | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Structure of d(GGCCAATTGG) Complexed with Netropsin | ||||||||||||||||||
要素 | (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA DOUBLE HELIX / BASE TRIPLETS / MINOR GROOVE BINDER / DRUG / NETROPSIN | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | データ登録者 | Van Hecke, K. / Nam, P.C. / Nguyen, M.T. / Van Meervelt, L. | 引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2005 | タイトル: Netropsin interactions in the minor groove of d(GGCCAATTGG) studied by a combination of resolution enhancement and ab initio calculations. 著者: Van Hecke, K. / Nam, P.C. / Nguyen, M.T. / Van Meervelt, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z8v.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z8v.ent.gz | 15.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z8v_validation.pdf.gz | 600.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z8v_full_validation.pdf.gz | 608.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1z8v_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z8v_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The oligonucleotide was purchased from Oswel DNA service (University of Southampton, UK) #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: potassium cacodylate, MPD, magnesium chloride, spermine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8457 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8457 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 5724 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 24.74 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique all: 538 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB ENTRY DD0002 解像度: 1.75→9.6 Å / Isotropic thermal model: isotropic /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.7 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→9.6 Å
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