PDB-1z8m: Solution structure of the conserved hypothtical protein HP0894 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z8m

タイトル

Solution structure of the conserved hypothtical protein HP0894 from Helicobacter pylori

要素

conserved hypothetical protein HP0894

キーワード

Structural genomics / Unknown function / HP0894 / hypothetical protein / Helicobacter pylori

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA catabolic process / translational termination / RNA endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Han, K.D. / Park, S.J. / Jang, S.B. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Solution structure of conserved hypothetical protein HP0894 from Helicobacter pylori
著者: Han, K.D. / Park, S.J. / Jang, S.B. / Son, W.S. / Lee, B.J.

履歴

登録	2005年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z8m.cif.gz	859.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z8m.ent.gz	726.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z8m_validation.pdf.gz	341.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z8m_full_validation.pdf.gz	549 KB	表示
XML形式データ	1z8m_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	1z8m_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ltt-d 1sne-1 2l9w-d 3fg8-6 1kx9-2 1r77-1 5zkv-d 4nj6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein HP0894

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	secondary structures

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein HP0894 分子量: 10394.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0894 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25554

#1: タンパク質

conserved hypothetical protein HP0894

分子量: 10394.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0894 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25554

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.08mM HP0894 U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 500mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 500mM NaCl / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRView	5.0.4	MERCK AND CO., INC.	データ解析
CNS	1.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: secondary structures

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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