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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z83 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human AK1A in complex with AP5A | ||||||
要素 | Adenylate kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / adenylate kinase / humna / AP5A / diadenosine pentaphosphate / nucleotide kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / outer dense fiber / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion ...nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / outer dense fiber / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / リン酸化 / extracellular exosome / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Filippakopoulos, P. / Bunkoczi, G. / Jansson, A. / Schreurs, A. / Knapp, S. / Edwards, A. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human AK1A in complex with AP5A 著者: Filippakopoulos, P. / Bunkoczi, G. / Jansson, A. / Schreurs, A. / Knapp, S. / Edwards, A. / von Delft, F. / Sundstrom, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z83.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z83.ent.gz | 110.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 194 / Label seq-ID: 2 - 195
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詳細 | Three monomers in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21837.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK1 / プラスミド: hak1a-pLIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P00568, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES, PEG550, Zinksulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 49395 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.698 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.457 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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